求助 Gromacs too many lincs warning 问题

oopsxxxz · 发表于 Post on 2021-10-8 09:29:33

本帖最后由 oopsxxxz 于 2021-10-8 09:36 编辑

请问老师，我的体系里用solvate 这个命令加了两片石墨烯的体系，第二片石墨烯写成itp文件include 到体系的top文件中，跑nvt 的时候出现too many Linc warning （1700）的错误，如果把步长设置到1 fs，constraints设置为none的话会出现starting mdrun 'gra in water'
100000 steps, 100.0 ps.
step 0
WARNING: Listed nonbonded interaction between particles 9805 and 9870
at distance 5477.702 which is larger than the table limit 2.005 nm.
这个错误。
两个石墨烯是不一样的，其中有一个加了羟基。
请问老师这个问题该怎么解决呢？是我的体系结构有问题么？
麻烦老师了！

oopsxxxz · 发表于 Post on 2021-10-8 20:40:03

问题已解决

dongdong · 发表于 Post on 2021-10-9 09:11:13

您好，这个问题是啥原因吗，我之前也遇到过。

oopsxxxz · 发表于 Post on 2021-10-11 10:53:21

dongdong 发表于 2021-10-9 09:11
您好，这个问题是啥原因吗，我之前也遇到过。

可能是盒子大小，n2t文件或是冻结组设置有问题

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