求助帖，如何作出蛋白结合配体前后的RMSF曲线图

mangmw

各位前辈好，我进行了蛋白-小分子100ns的分子动力学模拟，之前使用以下命令进行RMSF分析，得到图一:
gmx rmsf -s md.tpr -fmd.xtc -res -o pic.rmsf.xvg
>选择 1("protein")
模拟后的RMSD曲线（图四，红色曲线是蛋白-配体，黑色曲线是蛋白）
现在想分别得到蛋白结合配体前后的RMSF曲线，绘制到一张图中，分析结合配体对蛋白残基柔性的影响，请问需要用什么指令呢
在网页上看到的相关参考图已上传。（图二，图三）

sobereva

如果是否结合配体是不同的轨迹文件，提供不同的轨迹文件就完了。如果对应轨迹的不同阶段，用-b、-e设置被统计的轨迹时间范围

mangmw

sobereva 发表于 2025-8-25 11:44
如果是否结合配体是不同的轨迹文件，提供不同的轨迹文件就完了。如果对应轨迹的不同阶段，用-b、-e设置被统 ...

老师您好，我是用对接后的蛋白-小分子进行分子动力学模拟，只有一个轨迹文件，根据您提供的第二种方式来绘制曲线的话（对应轨迹的不同阶段，用-b、-e设置被统计的轨迹时间范围），请问这种情况怎么分辨蛋白是否结合配体对应的轨迹阶段呢，
还是这种情况只能用您提供的第一种方式：蛋白质（不加配体）再跑一遍100ns模拟，然后提取RMSF曲线进行对比

tptp

你得重新跑一个没有配体的轨迹，纯蛋白的体系，然后再生成一个rmsf数据。这样是比较有无配体对蛋白的影响

tptp

然后如果说是前50ns你的配体和蛋白结合，后50ns比如说脱离了，那你就用-b 和-e选择起始和结束帧，分别生成前50ns和后50ns的rmsf数据，绘制到一张图上就行。不过一般文献里都是跑两次，跑一次蛋白配体的，跑一次纯蛋白的，然后生成两个rmsf数据进行比对。

mangmw

tptp 发表于 2025-8-25 13:45
然后如果说是前50ns你的配体和蛋白结合，后50ns比如说脱离了，那你就用-b 和-e选择起始和结束帧，分别生成 ...

原来如此，非常感谢您的解答