可极化力场amoeba能做自由能计算吗？

尘劫 · 发表于 Post on 2021-10-15 20:26:38

最近想做单分子溶剂化自由能的计算，但其他力场结果不太理想，想看看amoeba力场。所以想问问amber能做可极化力场的自由能计算吗？有人做过相关的工作吗，比如单分子溶剂化自由能的计算

喵星大佬 · 发表于 Post on 2021-10-16 03:25:52

AMOEBA最好用OpenMM，用可极化的做溶解自由能的计算一般结果会稍有改进，但具体还是要看你的模型和对照的实验数据直接是否有可比性

尘劫 · 发表于 Post on 2021-10-16 09:08:10

喵星大佬发表于 2021-10-16 03:25
AMOEBA最好用OpenMM，用可极化的做溶解自由能的计算一般结果会稍有改进，但具体还是要看你的模型和对照的实 ...

我有一个结构是想算KCl的溶剂化自由能，openmm会好点吗？

k64_cc · 发表于 Post on 2021-10-17 09:45:21

本帖最后由 k64_cc 于 2021-10-17 09:47 编辑

不太确定OpenMM有没有比较轻松的方法算Induce dipole model的FEP，在我了解范围内是没有的，需要一些手工作业。建议先调极化率，再调电荷/多极矩，最后vdw。
如果只涉及298K下的一价和二价离子的溶解自由能，可以考虑Drude model。它的离子模型直接拟合了实验值，做FEP也能方便那么一点点。

fhh2626 · 发表于 Post on 2021-10-17 14:34:48

尘劫发表于 2021-10-16 09:08
我有一个结构是想算KCl的溶剂化自由能，openmm会好点吗？

那可太复杂了，首先KCl和“单分子”隔着十万八千里呢，从KCl晶体到KCl分子的自由能变化咋算？

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