基于分子力场的能量分解运行出错

violet · 发表于 Post on 2021-10-17 15:24:27

首先我是用CHARMM36力场跑的蛋白-RNA的复合物，我想将轨迹中的某一帧代表性构象拿出来，分析其中一个核苷酸和蛋白的三个氨基酸之间的能量分解。于是我拿出这一帧PDB，并且只选取这三个氨基酸和一个核苷酸，电荷文件我是通过跑动力学时的拓扑文件中提取出来的对应原子类型和原子电荷，然后也按照步骤去使用multiwfn,但是读取电荷等都正确，只有最后一步进行分析的时候就会一直报错，如图所示的提示错误，我想请教一下，这是因为力场问题吗？可是我后来将这个PDB重新用Amber弄了，然后也使用Amber对应的.Psf文件中提取对应的原子电荷信息，但是还是会报错。
而且因为这个错误说的是"NH“有问题，我试着吧这个原子删除了额，但是又会说其他的原子有错误，反正总是无法运行。

sobereva · 发表于 Post on 2021-10-17 17:59:51

你当前选的力场是AMBER99&GAFF，这俩力场里都没有叫HN的原子类型，当然程序不认，这是非常显然的逻辑，屏幕上提示得非常明白。
Multiwfn的这个功能不支持CHARMM力场。

violet · 发表于 Post on 2021-10-18 10:01:08

sobereva 发表于 2021-10-17 17:59
你当前选的力场是AMBER99&GAFF，这俩力场里都没有叫HN的原子类型，当然程序不认，这是非常显然的逻辑，屏幕 ...

嗯呢，谢谢卢老师，后来选择了UFF力场，就可以正确运行了~

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