求助关于蛋白配体结合MD的问题

溪临昭煌 · 发表于 Post on 2021-11-3 00:35:38

各位老师好，我使用gromacs对我的酶——底物复合体系进行MD，体系来源于共晶体，使用的力场是CHARMM36和CGENFF，配体的电荷使用了RESP电荷，在300K，1bar放开限制跑了15ns以后发现小分子跑出了活性中心，开始在溶剂里面乱窜，目前排除了电荷设置错误的问题和结合位点的问题，请问各位老师这是什么原因造成的，该如何解决呢？

md.mdp (2.52 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)

sobereva · 发表于 Post on 2021-11-3 00:42:35

mdp没明显问题，从这上看不出什么来。没有更多信息没法判断

k64_cc · 发表于 Post on 2021-11-3 10:13:31

CGENFF和RESP组合本身就不合适。

CHARMM系列的charge是拟合分子和水的相互作用得到的，不是重现ESP。看原文献Figure 2。
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/jcc.21367

溪临昭煌 · 发表于 Post on 2021-11-3 10:49:05

sobereva 发表于 2021-11-3 00:42
mdp没明显问题，从这上看不出什么来。没有更多信息没法判断

谢谢老师，这是我的配体的str文件，

lac.str (7.07 KB, 下载次数 Times of downloads: 4) ，还想请问一下老师如果模拟正确，是否蛋白和配体会始终保持结合状态？

溪临昭煌 · 发表于 Post on 2021-11-3 10:50:54

k64_cc 发表于 2021-11-3 10:13
CGENFF和RESP组合本身就不合适。

CHARMM系列的charge是拟合分子和水的相互作用得到的，不是重现ESP。看 ...

谢谢老师回复，我先使用了cgenff自带的电荷进行模拟，但是出现了配体飞出，因此更换了RESP，但是也飞出了，不过RESP电荷飞出去时候模拟的时间确实比用自带的电荷进行模拟要短

k64_cc · 发表于 Post on 2021-11-3 13:28:14

溪临昭煌发表于 2021-11-3 10:50
谢谢老师回复，我先使用了cgenff自带的电荷进行模拟，但是出现了配体飞出，因此更换了RESP，但是也飞出了 ...

有没有那么一种可能，这俩事本身没关系呢？

要不你换Amber和GAFF吧。

溪临昭煌 · 发表于 Post on 2021-11-3 15:10:19

k64_cc 发表于 2021-11-3 13:28
有没有那么一种可能，这俩事本身没关系呢？

要不你换Amber和GAFF吧。

确实有可能...不过这样对CHARMM就有点儿心理阴影了...我试试去，谢谢老师

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