NEMD模拟聚合物气体分离，橡胶态聚合物链段运动是否需要考虑？

Seymour · 发表于 Post on 2021-11-5 10:02:15

用非平衡态分子动力学模拟聚合物膜的气体分离过程时，对于Tg低于常温的橡胶态聚合物，气体分子在膜中扩散渗透时需要考虑聚合物链的链段运动吗？如果需要考虑链段运动，那么具体该怎样做呢？

sobereva · 发表于 Post on 2021-11-5 16:34:29

没必要区分什么是否需要考虑。本来做MD的过程中，你不做任何人为的冻结、限制，聚合物的链该怎么运动就怎么运动，随它自发运动就完了。

Seymour · 发表于 Post on 2021-11-5 17:05:47

sobereva 发表于 2021-11-5 16:34
没必要区分什么是否需要考虑。本来做MD的过程中，你不做任何人为的冻结、限制，聚合物的链该怎么运动就怎么 ...

那么sob老师，我该怎么样保持我的聚合物膜在非平衡态动力学的时候保持位置不发生偏移呢？因为我的体系是纯聚合物分离膜，没有加任何固定的基底。我看有的文献上写着会在z方向（施加外力的方向）给聚合物加上位置限制来防止膜发生漂移。

sobereva · 发表于 Post on 2021-11-5 17:14:00

Seymour 发表于 2021-11-5 17:05
那么sob老师，我该怎么样保持我的聚合物膜在非平衡态动力学的时候保持位置不发生偏移呢？因为我的体系是 ...

既然有文献这么干，你就加限制势就完了。[ position_restraint ]字段里只设z方向的力常数。或者mdp里消除平动的组设成聚合物这部分看看效果

Seymour · 发表于 Post on 2021-11-5 18:55:56

sobereva 发表于 2021-11-5 17:14
既然有文献这么干，你就加限制势就完了。[ position_restraint ]字段里只设z方向的力常数。或者mdp里消除 ...

不好意思老师我没有说清楚，文献使用的是Tg很高的玻璃态聚合物。所以我不确定位置限制的方式对我的橡胶态聚合物体系是否也适用。我的想法是对部分主链原子加z方向的位置限制，其他主链原子能自由运动来模拟聚合物链的链段运动，但是我不知道这样是不是合理的。如果合理的话，加位置限制的原子类型和数目我也不知道该怎么确定。不好意思老师问题多了点

tjuptz · 发表于 Post on 2021-11-6 09:30:27

你可以先试试，看看结果再各种调整对比看

Seymour · 发表于 Post on 2021-11-6 19:02:21

tjuptz 发表于 2021-11-6 09:30
你可以先试试，看看结果再各种调整对比看

好的，谢谢老师回复。

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[GROMACS] NEMD模拟聚合物气体分离，橡胶态聚合物链段运动是否需要考虑？

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