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[GROMACS] 不常见有机液相分子的静态介电常数怎么计算?

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各位老师好!我在用GAFF力场计算一个不太常见的有机分子的静态介电常数(查不到,相似的结构也没有,如图所示),但是计算RESP2电荷(http://sobereva.com/531)的时候需要加该分子的溶剂模型,也需要静态介电常数。这对矛盾怎么解决?
以GAFF默认的AM1-BCC电荷计算出静态介电常数?或者计算RESP2电荷的时候预估一个静态介电常数?



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发表于 Post on 2021-11-11 16:35:24 | 只看该作者 Only view this author
显然不可能用AM1-BCC,提这个没有任何意义,怎么想也不可能轮得到用AM1-BCC。

原理上,可以在真空下用B3LYP/def2-TZVP这种像样级别结合弱极性溶剂(比如eps=10)用Multiwfn算RESP电荷,然后跑动力学得到介电常数。或者真空下计算极化率,通过Clausius–Mossotti关系预测介电常数,论坛首页google框搜,以前回复过多次。

如果要求高,就需要迭代:在前述RESP电荷下跑MD得到介电常数,然后再用Multiwfn算RESP2电荷,再用RESP2电荷跑MD得到新的介电常数...反复交替更新RESP2电荷和介电常数直到介电常数收敛。

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yaoyuan0711 + 5 谢谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-11 16:55:16 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-11-11 16:35
显然不可能用AM1-BCC,提这个没有任何意义,怎么想也不可能轮得到用AM1-BCC。

原理上,可以在真空下用B3 ...

通过Clausius–Mossotti关系预测介电常数也需要GMX模拟分子数密度,同样也得用RESP电荷吧?

迭代的思想很厉害,谢谢sob老师。

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发表于 Post on 2021-11-11 17:31:07 | 只看该作者 Only view this author
yaoyuan0711 发表于 2021-11-11 16:55
通过Clausius–Mossotti关系预测介电常数也需要GMX模拟分子数密度,同样也得用RESP电荷吧?

迭代的思 ...


密度相对来说是属于比较好算的属性,电荷不特别理想也不至于差太多。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-11 17:36:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-11-11 17:31

密度相对来说是属于比较好算的属性,电荷不特别理想也不至于差太多。

好的,谢谢!

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