关于磷脂双分子层建模的问题

gmx-xx · 发表于 Post on 2021-3-10 17:43:06

各位老师好，我在用卢老师推荐的genmixmem进行构建磷脂双分子层的时候，在形成拓扑文件之后，系统形成了两个拓扑文件：topol_Other_chain_A.itp 和 topol_Other_chain_B.itp请问大家这是正常现象吗还是应该形成一个拓扑文件呢？如果形成一个拓扑文件应该怎么办呢？谢谢大家

sobereva · 发表于 Post on 2021-3-11 02:04:42

不要管有几个拓扑文件，你只需要管新拓扑文件的内容。grompp实际处理的是所有被include的文件完全展开后的拓扑文件

我也不知道你的拓扑文件是怎么产生的。通常自己把各种残基的.itp文件include到主top文件就完了，根本没必要也不适合用pdb2gmx来搞

tanyingjia · 发表于 Post on 2021-11-13 15:26:25

请问一下用什么生成的拓扑呢，最近也在用genmixmem建膜

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