求助molclus做有机金属络合物构象搜索官能团乱飞问题

小七丫 · 发表于 Post on 2021-10-24 00:29:14

老师好，我想利用构象搜索生成葡萄糖酸与铁离子的络合物结构，步骤为：（1）：使用genmer生成了100个构象；（2）利用molclus+mopac对生成的构象做结构优化（3）利用VMD查看优化结果，发现葡萄糖酸有个官能团乱飞，并且铁离子离葡萄糖酸巨远，想请教老师是我哪里设置的不合理吗，所有文件已压缩上传

sobereva · 发表于 Post on 2021-10-24 03:21:07

这种体系初步筛选应当结合xtb在GFN-xTB下进行
葡萄糖只放一个明显不够，Fe没法充分配位。另外，genmer使用的时候应当把半径设成共价半径，用范德华半径明显会导致traj.xyz里Fe和葡萄糖太远。

实际上这个体系根本没必要自己做构型搜索，这么常见的物质的结构都能直接搜到https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/compound/Ferric-gluconate。另外，如果凭直觉就能判断怎么配位的，也没必要做构型搜索，葡萄糖酸明显应当是两个氧和Fe配位

flyingchow · 发表于 Post on 2021-10-24 12:49:03

个人浅见，做计算化学，一要有一些基本的计算机和软件知识，最关键还是要有化学思维。算只是一种手段，毕竟计算化学还是化学嘛。

小七丫 · 发表于 Post on 2021-10-24 19:58:03

sobereva 发表于 2021-10-24 03:21
这种体系初步筛选应当结合xtb在GFN-xTB下进行
葡萄糖只放一个明显不够，Fe没法充分配位。另外，genmer使用 ...

谢谢老师的解答，我的体系是在水溶液中葡萄糖酸钠与Fe3+的浓度为1:3，有没有可能是一配位或二配位，剩下的配位体是水分子呢

小七丫 · 发表于 Post on 2021-10-24 19:58:50

本帖最后由小七丫于 2021-10-27 14:42 编辑

flyingchow 发表于 2021-10-24 12:49
个人浅见，做计算化学，一要有一些基本的计算机和软件知识，最关键还是要有化学思维。算只是一种手段，毕竟 ...

嗯嗯，这是要加强的，我是工程的，化学学的不好，请问有什么书推荐吗

小七丫 · 发表于 Post on 2021-10-24 21:09:07

本帖最后由小七丫于 2021-10-24 21:12 编辑

sobereva 发表于 2021-10-24 03:21
这种体系初步筛选应当结合xtb在GFN-xTB下进行
葡萄糖只放一个明显不够，Fe没法充分配位。另外，genmer使用 ...

谢谢老师，那有没有可能葡萄糖酸和铁离子是1:1配位呢，铁其余配位的结合水

sobereva · 发表于 Post on 2021-10-26 14:47:43

小七丫发表于 2021-10-24 19:58
谢谢老师的解答，我的体系是在水溶液中葡萄糖酸钠与Fe3+的浓度为1:3，有没有可能是一配位或二配位，剩下 ...

是有可能，所以你就算不画多个葡萄糖，至少也得把配位水考虑进去，不能让Fe额外的配位能力就在那里悬着

小七丫 · 发表于 Post on 2021-10-27 14:37:37

本帖最后由小七丫于 2021-10-27 14:41 编辑

谢谢老师的解答，我把配位水考虑进去试试，还有一个问题：最终是几分子葡萄糖和水分子和一分子Fe3+配位，能通过算它们整体的能量来确定吗（能量越低越又可能是存在的构型？

sobereva · 发表于 Post on 2021-11-12 02:32:04

小七丫发表于 2021-10-27 14:37
谢谢老师的解答，我把配位水考虑进去试试，还有一个问题：最终是几分子葡萄糖和水分子和一分子Fe3+配位，能 ...

可以，是

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