使用CGenFF力场模拟含氯小分子时孤对电子参数设置与速度失控问题如何解决？

Zora_zz

各位老师好，
        我在模拟含氯小分子时遇到一些问题，想请教有相关经验的老师如何正确建模和处理参数：

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文件生成与可视化问题：
从CGenFF官网获取参数后，使用VMD 1.9.4的ffTK插件生成了PSF和PDB文件，PyMOL打开时出现乱码，但通过VMD先导入PSF再导入PDB可正常显示结构，且从VMD可以确认氯原子（CLGR1类型）已生成孤对电子（LPH类型），不知道这种情况是否正常。

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NAMD模拟报错
报错信息：FATAL ERROR: UNABLE TO FIND BOND PARAMETERS FOR CLGR1 LPH (ATOMS 10 22)，当前解决方法：在参数文件中手动添加键参数CLGR1 LPH    30.0    1.640和CG2R61 CLGR1 LPH     10.0   180.0。

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动力学模拟问题
采用当前解决方法后，能量最小化可通过，但NVT模拟时孤对电子速度失控，报错信息为ERROR: Atom 28596 velocity is 1237.65 6016.24 -2615.76 (limit is 6000, atom 394 of 425 on patch 111 pe 16)   ERROR: Atoms moving too fast; simulation has become unstable (1 atoms on patch 111 pe 16)

chenjinfeng850

如果要用CGenFF模拟这种带lone pair的小分子，建议用CHARMM或者OpenMM跑MD。
查了一下NAMD似乎不支持这种lone pair (https://www.ks.uiuc.edu/Research ... 2019-2020/0309.html)

student0618

gmx 也可以用virtual site, cgenff 网页可以直接转换成GROMACS 格式。

Zora_zz

谢谢各位老师解答，我还有一个问题想请教，用charmm-gui网页生成的小分子参数文件，里面提供的重命名的pdb文件的键长和初始文件会出现不一致的情况。