gromacs怎么计算离子液体间氢键

iueh · 发表于 Post on 2021-6-22 17:03:44

gromacs通过 gmx hbond 计算 BMIM PF6 氢键时，出现没有给体，看了论坛上说把 PF6中 itp文件中的F改为 O ，但是仍然没有给体，想请教一下各位。

lyj714 · 发表于 Post on 2021-6-22 17:56:51

F改O只是认为F作为受体，你体系没有供体原子啊，NH或者OH这两种才可能认为是供体原子。

iueh · 发表于 Post on 2021-6-22 19:31:13

行，谢谢，我把咪唑环上的C改为了N，就计算出了氢键，谢谢。

yuclark · 发表于 Post on 2021-7-11 16:33:44

iueh 发表于 2021-6-22 19:31
行，谢谢，我把咪唑环上的C改为了N，就计算出了氢键，谢谢。

请问只是从itp中把阴离子PF6中的符号F改成了O，阳离子BMIM中的两个N原子之间的C改成了“N”,而其他信息：原子质量、电荷等不用修改？

iueh · 发表于 Post on 2021-7-12 09:34:37

原子质量要改，电荷不用改

zll · 发表于 Post on 2021-11-23 10:48:20

你好，我想问一下，您有emim阳离子的力场吗？可以有偿使用吗？

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