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[VMD] VMD里输入指令topo retypedihedral报错求助

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我用packmol建模,然后根据帖子lammps和gromacs聚合物建模的方法 - 分子模拟 (Molecular Modeling) - 计算化学公社 (keinsci.com)用vmd给原子附上电荷啥的,我输入指令topo retypedihedral,然后出现报错Unknown topotools command 'retypedihedral',如下图,请问应该怎么弄,希望可以指导一下tcl脚本

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发表于 Post on 2023-12-15 14:34:21 | 只看该作者 Only view this author
少写了一个s
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-15 14:39:02 | 只看该作者 Only view this author
Frozen-Penguin 发表于 2023-12-15 14:34
少写了一个s
retypedihedrals

谢谢老师,我刚刚也发现了问题的所在,请问您会写tcl脚本吗,我不太清楚脚本的结构写了一个简单的,您能帮我看一下吗

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-15 14:40:02 | 只看该作者 Only view this author
Olive.Lv 发表于 2023-12-15 14:39
谢谢老师,我刚刚也发现了问题的所在,请问您会写tcl脚本吗,我不太清楚脚本的结构写了一个简单的,您能 ...

topo clearbonds                           
topo clearangles                           
topo cleardihedrals
topo clearimpropers

topo guessbonds
topo guessangles                           
topo guessdihedrals                     

topo retypebonds
topo retypeangles
topo retypedihedrals

mol reanalyze top                        
topo writelammpsdata mysystem.data   

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发表于 Post on 2023-12-15 20:27:52 | 只看该作者 Only view this author
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,并清楚、准确反映出帖子具体内容,避免有任何歧义和含糊性,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “TKConsle输入” 改了,以后务必注意!下次将删帖+扣分处理
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2023-12-15 20:28:13 | 只看该作者 Only view this author
Olive.Lv 发表于 2023-12-15 14:40
topo clearbonds                           
topo clearangles                           
topo cle ...

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充,应直接编辑原帖,不要通过回帖进行补充,这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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