生成含非标准残基top文件时删除封堵CYS的H后在pymol中无法显示双键

sxwen

各位好：
我有一个蛋白（nlrp3）,我们自己设计了一个化合物（st4）,我们想研究st4与nlrp3相互作用关系，使用薛定谔共价对接后进行md。CYS-ST4结构，在这里我使用添加H的方式封堵C和N端。在Gaussian计算参数为“# opt freq hf/6-31g pop=mk iop(6/33=2)”，后续也正常生成了ST4withCYS279_withH.itp和ST4withCYS279_withH.top文件。在准备复合物体系时，我对照GaussView产生的mol2文件，将CYS和ST4做了相应修改（主要是改了原子编号），在这里我删除了封堵CYS C端和N段所加的H，结果如下：
ATOM   1228  O   SER A 278       6.323  35.063 154.328  1.00  0.00           O
ATOM   1229  C1  ST4 A 279       6.753  31.690 155.956  1.00  0.00           C  
ATOM   1230  O2  ST4 A 279       7.337  33.829 149.622  1.00  0.00           O  
ATOM   1231  C3  ST4 A 279       9.083  35.659 151.170  1.00  0.00           C  
ATOM   1232  O4  ST4 A 279      11.210  28.221 156.995  1.00  0.00           O  
ATOM   1233  C5  ST4 A 279      10.836  29.505 156.766  1.00  0.00           C  
ATOM   1234  O6  ST4 A 279      11.652  30.421 156.806  1.00  0.00           O  
ATOM   1235  C7  ST4 A 279       8.765  30.231 157.850  1.00  0.00           C  
ATOM   1236  O8  ST4 A 279      10.248  33.909 153.265  1.00  0.00           O  
ATOM   1237  C9  ST4 A 279       7.517  31.937 153.531  1.00  0.00           C  
ATOM   1238  C10 ST4 A 279       8.735  32.105 152.530  1.00  0.00           C  
ATOM   1239  C11 ST4 A 279       7.586  31.007 154.812  1.00  0.00           C  
ATOM   1240  C12 ST4 A 279       6.132  32.168 152.823  1.00  0.00           C  
ATOM   1241  C13 ST4 A 279       8.315  32.123 151.053  1.00  0.00           C  
ATOM   1242  C14 ST4 A 279       9.826  31.048 152.724  1.00  0.00           C  
ATOM   1243  C15 ST4 A 279       9.261  33.559 152.640  1.00  0.00           C  
ATOM   1244  C16 ST4 A 279       9.087  30.775 155.281  1.00  0.00           C  
ATOM   1245  C17 ST4 A 279       6.926  29.650 154.522  1.00  0.00           C  
ATOM   1246  C18 ST4 A 279       6.137  33.106 151.560  1.00  0.00           C  
ATOM   1247  C19 ST4 A 279       7.536  33.423 150.958  1.00  0.00           C  
ATOM   1248  C20 ST4 A 279      10.169  30.645 154.154  1.00  0.00           C  
ATOM   1249  C21 ST4 A 279       8.332  34.456 151.811  1.00  0.00           C  
ATOM   1250  C22 ST4 A 279       9.308  29.735 156.468  1.00  0.00           C  
ATOM   1251  C23 ST4 A 279       7.141  28.570 155.606  1.00  0.00           C  
ATOM   1252  C24 ST4 A 279       8.614  28.396 156.054  1.00  0.00           C  
ATOM   1253  H25 ST4 A 279       7.621  34.946 152.449  1.00  0.00           H  
ATOM   1254  H26 ST4 A 279       7.127  33.038 149.103  1.00  0.00           H  
ATOM   1255  H27 ST4 A 279       7.661  32.808 154.130  1.00  0.00           H  
ATOM   1256  H28 ST4 A 279       9.345  31.748 155.703  1.00  0.00           H  
ATOM   1257  H29 ST4 A 279      12.140  28.272 157.228  1.00  0.00           H  
ATOM   1258  H30 ST4 A 279       9.403  30.161 152.257  1.00  0.00           H  
ATOM   1259  H31 ST4 A 279      10.700  31.196 152.093  1.00  0.00           H  
ATOM   1260  H32 ST4 A 279       5.858  29.772 154.333  1.00  0.00           H  
ATOM   1261  H33 ST4 A 279       7.318  29.323 153.576  1.00  0.00           H  
ATOM   1262  H34 ST4 A 279       5.501  32.642 150.803  1.00  0.00           H  
ATOM   1263  H35 ST4 A 279       5.649  34.052 151.784  1.00  0.00           H  
ATOM   1264  H36 ST4 A 279      10.395  29.584 154.043  1.00  0.00           H  
ATOM   1265  H37 ST4 A 279      11.105  31.120 154.450  1.00  0.00           H  
ATOM   1266  H38 ST4 A 279       6.519  28.787 156.474  1.00  0.00           H  
ATOM   1267  H39 ST4 A 279       6.756  27.626 155.226  1.00  0.00           H  
ATOM   1268  H40 ST4 A 279       9.146  27.953 155.212  1.00  0.00           H  
ATOM   1269  H41 ST4 A 279       8.651  27.666 156.865  1.00  0.00           H  
ATOM   1270  H42 ST4 A 279       6.419  31.010 156.732  1.00  0.00           H  
ATOM   1271  H43 ST4 A 279       5.831  32.135 155.589  1.00  0.00           H  
ATOM   1272  H44 ST4 A 279       7.303  32.500 156.439  1.00  0.00           H  
ATOM   1273  H45 ST4 A 279       8.344  36.237 150.615  1.00  0.00           H  
ATOM   1274  H46 ST4 A 279       9.790  35.306 150.418  1.00  0.00           H  
ATOM   1275  H47 ST4 A 279       7.715  29.997 157.999  1.00  0.00           H  
ATOM   1276  H48 ST4 A 279       8.885  31.308 157.977  1.00  0.00           H  
ATOM   1277  H49 ST4 A 279       9.246  29.758 158.710  1.00  0.00           H  
ATOM   1278  H50 ST4 A 279       5.757  31.195 152.505  1.00  0.00           H  
ATOM   1279  H51 ST4 A 279       5.389  32.533 153.528  1.00  0.00           H  
ATOM   1280  H52 ST4 A 279       9.158  32.121 150.361  1.00  0.00           H  
ATOM   1281  H53 ST4 A 279       7.721  31.244 150.800  1.00  0.00           H
ATOM   1282  S54 ST4 A 279       9.977  36.840 152.287  1.00  0.00           S
ATOM   1283  C55 ST4 A 279       8.669  37.756 153.205  1.00  0.00           C  
ATOM   1284  H56 ST4 A 279       9.161  38.689 153.385  1.00  0.00           H
ATOM   1285  H57 ST4 A 279       7.684  37.939 152.828  1.00  0.00           H
ATOM   1286  C58 ST4 A 279       8.115  36.966 154.423  1.00  0.00           C
ATOM   1287  H59 ST4 A 279       8.417  35.969 154.180  1.00  0.00           H
ATOM   1288  O60 ST4 A 279       9.961  37.468 155.890  1.00  0.00           O              
ATOM   1289  C61 ST4 A 279       8.733  37.204 155.810  1.00  0.00           C
ATOM   1290  N63 ST4 A 279       6.647  36.932 154.496  1.00  0.00           N
ATOM   1291  H65 ST4 A 279       6.270  37.704 153.983  1.00  0.00           H
ATOM   1292  N   CYS A 280       7.682  37.111 157.146  1.00  0.00             N

但是将其加载到pymol中时，发现无法显示C=0键了，见下图，但是用moe显示的时候却可以正常显示C=O键，在pymol中，其他残基的c=o键也是可以显示的，请问这是什么原因造成的，如何解决呢？