计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 3058|回复 Reply: 10
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Multiwfn使用咨询] 如何用multiwfn计算分子正负电荷密度中心之间的距离

[复制链接 Copy URL]

107

帖子

0

威望

371

eV
积分
478

Level 3 能力者

请问大家,应该如何使用multiwfn计算一个分子的正电荷密度中心和负电荷密度中心之间的距离,有没有具体的帖子,谢谢大家

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112496

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2021-11-29 12:51:51 | 只看该作者 Only view this author
这就是偶极矩而已。偶极矩的大小量化程序算完后通常直接就输出了,你也可以用Multiwfn算,载入波函数文件后进入主功能300的子功能5
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

1万

帖子

0

威望

7402

eV
积分
18171

Level 6 (一方通行)

3#
发表于 Post on 2021-11-29 16:37:47 | 只看该作者 Only view this author
”正电荷密度中心和负电荷密度中心“没有严格定义。比如氟化氢,你是把氟原子整体看作负电荷,把氢原子整体看作正电荷呢,还是把电子看作负电荷,原子核看作正电荷呢?两个计算结果是不一样的。
只有在正电荷和负电荷都是一个单位电荷时,你要算的量才等于偶极矩,否则不等于。但是首先你必须把你要算的量定义清楚,确保对于每个分子都能唯一定义,先确定定义是唯一的才能考虑怎么计算。
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112496

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2021-11-29 18:04:35 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-11-29 12:51
这就是偶极矩而已。偶极矩的大小量化程序算完后通常直接就输出了,你也可以用Multiwfn算,载入波函数文件后 ...

具体来说是偶极矩的大小除以体系电子数(假定体系是中性的情况)
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

107

帖子

0

威望

371

eV
积分
478

Level 3 能力者

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-30 13:59:10 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-11-29 16:37
”正电荷密度中心和负电荷密度中心“没有严格定义。比如氟化氢,你是把氟原子整体看作负电荷,把氢原子整体 ...

您好 请问我想算的是把电子看成负电荷,原子核看成正电荷,怎么算正负电荷密度中心之间的距离呢

1万

帖子

0

威望

7402

eV
积分
18171

Level 6 (一方通行)

6#
发表于 Post on 2021-11-30 16:12:34 | 只看该作者 Only view this author
weixue 发表于 2021-11-30 06:59
您好 请问我想算的是把电子看成负电荷,原子核看成正电荷,怎么算正负电荷密度中心之间的距离呢

一般程序会给原子核和电子分别对偶极矩的贡献,由这两个数根据偶极矩的定义就可以算出来,具体自己推公式,很简单
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员

107

帖子

0

威望

371

eV
积分
478

Level 3 能力者

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-30 21:20:42 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-11-30 16:12
一般程序会给原子核和电子分别对偶极矩的贡献,由这两个数根据偶极矩的定义就可以算出来,具体自己推公式 ...

请问具体的从哪里看原子核和电子对偶极矩的贡献呢? 公式是什么呢

1万

帖子

0

威望

7402

eV
积分
18171

Level 6 (一方通行)

8#
发表于 Post on 2021-11-30 21:53:43 | 只看该作者 Only view this author
weixue 发表于 2021-11-30 14:20
请问具体的从哪里看原子核和电子对偶极矩的贡献呢? 公式是什么呢

比如说ORCA输出文件最后会打印:
-------------
DIPOLE MOMENT
-------------
                                X             Y             Z
Electronic contribution:     -0.75950      -0.00000       0.00000
Nuclear contribution   :      0.00713       0.00000       0.00000
                        -----------------------------------------
Total Dipole Moment    :     -0.75237      -0.00000       0.00000
                        -----------------------------------------
其他程序应该也会打出类似信息,你看一下输出文件就知道。如果没有,从偶极矩的定义自己算一下原子核的贡献也不麻烦。偶极矩的定义参见https://en.wikipedia.org/wiki/Dipole#Molecular_dipoles
别伸手要公式,自己推,总共也就不超过10行就推出来了,只有加减乘除,连乘方开方微积分都不涉及,自己推一下就知道了。如果不会推,详细告诉我们你卡在哪一步了,把你的中间结果贴上来,我们可以帮你推一步,让你绕过卡住的地方,但是不可能手把手教你推完,更不可能我们自己推完了只给你一个结果。没有任何论坛会欢迎伸手要答案的人
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员

107

帖子

0

威望

371

eV
积分
478

Level 3 能力者

9#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-1 09:03:38 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-11-30 21:53
比如说ORCA输出文件最后会打印:
-------------
DIPOLE MOMENT

您好,您给的这个网址打不开,还有其他网址吗

1万

帖子

0

威望

7402

eV
积分
18171

Level 6 (一方通行)

10#
发表于 Post on 2021-12-1 16:17:24 | 只看该作者 Only view this author
weixue 发表于 2021-12-1 02:03
您好,您给的这个网址打不开,还有其他网址吗

自己百度搜索”偶极矩“
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112496

管理员

公社社长

11#
发表于 Post on 2021-12-3 02:43:30 | 只看该作者 Only view this author
weixue 发表于 2021-11-30 21:20
请问具体的从哪里看原子核和电子对偶极矩的贡献呢? 公式是什么呢

Gaussian计算时默认把体系摆到标准朝向下,此时体系的核电荷中心直接就被摆到原点,此时对偶极矩没有贡献。因此输出的偶极矩此时只体现电子的贡献

Multiwfn在输出偶极矩的时候也明确把原子核和电子的贡献分别给出来(此例核贡献为0是因为体系在标准朝向下)


北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-27 10:29 , Processed in 0.193416 second(s), 24 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list