PLUMED求助

sun666

在学习plumed过程中有很多不理解的地方，希望得到前辈的解答
1.matedynamic的问题
我进行metadynamic时报错，说在格子外进行搜索。查看了一下可能的原因是初始CV不在GRID_MIN到 GRID_MAX的范围。请问是否是这个原因呢。我在液液体系中，对有机相的质心设置为虚原子，cv为水相中的金属离子到虚原子的z方向的距离。发现这个z距离不连续输出如下：
#! FIELDS time d1.x d1.y d1.z
0.000000  -0.895931
0.200000  3.554236
0.400000  3.568508
0.600000 -0.901563
0.800000  3.500533
1.000000  3.496706
1.200000 -4.231677
1.400000  1.083893
1.600000  1.050676
1.800000 -0.929115
2.000000  -3.566697
2.200000 -3.581374
2.400000  -3.594004
2.600000 0.819254
2.800000 0.818876
3.000000  0.798152
3.200000 0.765366
3.400000 3.674281
3.600000 0.740740
3.800000  0.733210
4.000000 0.745795
4.200000 0.766938
是因为有少数机相分子由于pbc从盒子顶部跑到盒子底部吗。该怎么解决呢。
2.LOWER_WALLS/UPPER_WALLS
请问同时使用WALLS和MATED时，与只使用MATED计算自由能有何区别呢。是否要计算WALLS产生的偏置势
3.SIGMA参数
在METAD过程的SIGMA时cv的标准差，是不也遵守SIGMA准则：（μ-σ，μ+σ）概率为0.6526 （μ-2σ，μ+2σ）中的概率为0.9544，其中μ是不是应为（GRID_MIN+GRID_MAX）/2。
SIGMA为什么要自己指定呢，
4.HISTOGRAM参数
这个参数是统计CV上的概率分布，GRID_BIN指定网格数量，可以认为成在CV范围生成的概率直方图的柱子个数吗。BANDWIDTH指的是宽度核密度估计的宽度是什么意思呢。6.plumed做伞形采样
教程中在对每个窗口进行模拟后，将所有轨迹进行合并（gmx trjcat -f traj*.xtc -cat -o concatenated.xtc），然后再对合并后的整个轨迹生成biases.dat。请问这个bias.dat的含义是什么呢，我看生成的文件，在AT=2的位置，还生成了AT=0地方的bias。这一步是什么含义呢另外对于STRIDE，mdrun进行了100000步，STRIDE设置为20，不应该输出5000个数据吗，但是我看文件输出了10000个数据这是什么原因呢。STRIDE不是对于mdrun的步数而言的吗

函数与激情

不知道楼主解决了Plumed的这些疑问了没有，我也有类似的问题，可否交流一下

yydy

函数与激情 发表于 2021-10-29 09:36
不知道楼主解决了Plumed的这些疑问了没有，我也有类似的问题，可否交流一下

我整的只跑了一步就停掉了，也不知道是哪里不对