在VMD中画振动模式

Kalinite

GaussView中画振动模式的箭头有点偏细，不是很清晰，想到sob老师曾写过在VMD中显示原子受力的.tcl脚本(http://sobereva.com/568)，于是魔改了一发。但是苦于不懂.tcl的语句用法，于是东查查西查查改成了下面这样。现在已经能够处理我自己的Gaussian16的freq输出，只要改开头NoMode为所需查看的振动模式序号，但是对比GaussView中看到的结果发现，这里需要减1（也就是说如果想看第10号模式，应该写9），不是很清楚哪里写错了，还请懂行的大佬指出。
因为最近正好想画几个振动模式的图，一想到这个可能行马上爬起来捣鼓了一下，写的有点烂，实现的方法可能也比较无脑。

1. set filename xxx.log
   
2. set NoMode 0
   
3. 
   
4. set counter [expr $NoMode / 3]
   
5. set res [expr $NoMode % 3]
   
6. 
   
7. #Scale factor of arrow length
   
8. set sclfac 20
   
9. #Radius of arrow
   
10. set rad 0.1
    
11. #Color of arrow
    
12. set color yellow
    
13. #Criterion of drawing arrow
    
14. set crit 0.1
    
15. 
    
16. # Load atomic forces
    
17. set myfile [open $filename r]
    
18. while { [gets $myfile line] >=0 } {
    
19. if {[string first "Harmonic frequencies" $line] != -1} {
    
20. break
    
21. }
    
22. }
    
23. gets $myfile line
    
24. gets $myfile line
    
25. gets $myfile line
    
26. gets $myfile line
    
27. gets $myfile line
    
28. gets $myfile line
    
29. gets $myfile line
    
30. gets $myfile line
    
31. gets $myfile line;#如果同时算了Raman之类还要额外加一行gets $myfile line，因为会多一行数据
    
32. set natm [molinfo top get numatoms]
    
33. set nmode [expr $natm * 3 - 6]
    
34. set k 0
    
35. 
    
36. while { [gets $myfile line] >=0 } {
    
37. if {[string first "Atom" $line] != -1} {
    
38. set k [expr $k + 1]
    
39. }
    
40. if {$k >= $counter} {
    
41. break
    
42. }
    
43. }
    
44. 
    
45. if {$res != 1} {
    
46. for {set i 1} {$i <= $natm} {incr i} {
    
47. gets $myfile line
    
48. scan $line "%d %d %f %f %f %f %f %f %f %f %f" itmp jtmp fx($i) fy($i) fz($i) dd ee ff gg hh ii
    
49. }
    
50. }   elseif {$res != 2} {
    
51. for {set i 1} {$i <= $natm} {incr i} {
    
52. gets $myfile line
    
53. scan $line "%d %d %f %f %f %f %f %f %f %f %f" itmp jtmp aa bb cc fx($i) fy($i) fz($i) gg hh ii
    
54. }
    
55. }   elseif {$res != 0} {
    
56. for {set i 1} {$i <= $natm} {incr i} {
    
57. gets $myfile line
    
58. scan $line "%d %d %f %f %f %f %f %f %f %f %f" itmp jtmp aa bb cc dd ee ff fx($i) fy($i) fz($i)
    
59. }
    
60. }
    
61. 
    
62. close $myfile
    
63. 
    
64. set maxf 0
    
65. for {set i 1} {$i<=$natm} {incr i} {
    
66. set norm [expr sqrt($fx($i)**2+$fy($i)**2+$fz($i)**2)]
    
67. if {$norm>$maxf} {set maxf $norm}
    
68. }
    
69. 
    
70. source drawarrow.tcl
    
71. draw delete all
    
72. draw color $color
    
73. for {set i 1} {$i<=$natm} {incr i} {
    
74. set norm [expr sqrt($fx($i)**2+$fy($i)**2+$fz($i)**2)]
    
75. if {$norm>[expr $crit*$maxf]} {
    
76. drawarrow "serial $i" $fx($i) $fy($i) $fz($i) $sclfac $rad 0
    
77. }
    
78. }
    
79. 
    

复制代码

sobereva

之前我发过
在VMD中绘制Gaussian计算的分子振动矢量的方法
http://sobereva.com/567（http://bbs.keinsci.com/thread-19287-1-1.html）

Kalinite

sobereva 发表于 2021-3-19 07:06
之前我发过
在VMD中绘制Gaussian计算的分子振动矢量的方法
http://sobereva.com/567（http://bbs.keinsci ...

太尴尬了，之前没注意到

Huangff

sobereva 发表于 2021-3-19 07:06
之前我发过
在VMD中绘制Gaussian计算的分子振动矢量的方法
http://sobereva.com/567（http://bbs.keinsci ...

老师，我没有找到帖子中提到的GauNorm.tcl和drawarrow2.tcl两个文件

sobereva

Huangff 发表于 2024-11-7 17:11
老师，我没有找到帖子中提到的GauNorm.tcl和drawarrow2.tcl两个文件

文章写得没法更清楚

在这里下载笔者编写的绘图脚本和示例文件：http://sobereva.com/attach/567/file.zip

Huangff

sobereva 发表于 2024-11-8 21:22
文章写得没法更清楚

谢谢老师，是我没有看仔细，提问当天在该文件夹找到了，抱歉耽误您时间