公社群聊Q&A整理：2015.09.21 20 ~ 2015.09.24 21

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2016-2-11 00:18:11

相关概况请阅读：http://bbs.keinsci.com/thread-2022-1-1.html

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2015.09.21 20:40:22
Q:
新学multiwfn,求问用这个软件做ECD,计算还是要靠高斯的，不能靠这个计算，这个只负责画图的是吗
A:
Bloom 是
----------------------------------------------------
2015.09.21 20:57:15
Q:
第四周期的Fe需要考虑相对论效应吗？如果需要，请问各位老师推荐的方法和基组是什么呢？
A:
Fe是否考虑相对论都行。比如Lanl对于Fe虽然是赝势，但也没考虑相对论。
看你对精度要求，low就用Lanl2DZ，好点就用lanl2TZ或SDD，或def2SVP（全电子），更好点就用lanl2TZ(f)或def2TZVP（全电子）
----------------------------------------------------
2015.09.21 21:03:20
Q:
[图片]大家觉得这个配置的组装机大概多少钱可以搞定
A:
peace 按报价加和就行了，没什么水分
记得还得算上机箱和键鼠的钱
----------------------------------------------------
2015.09.21 21:30:42
Q:
请问一下，如果我觉得过渡态没什么问题，但是irc跑出来总是两边一样的，我尝试了多重办法，想要加上所需方向上的虚频，但得到的过渡态始终都是同一个，大神们有什么技巧吗
加大所需虚频，打错了
哎呀，大神们都木有什么tips呀
求教[Emoticon]
A:
看IRC轨迹分析原因
Q:
？
总是从1到2然后又回到1
而且irc上的最高点正好是2
A:
那你的意思是IRC两个方向的结构变化和能量变化是对称的？正方向和逆方向完全相同？
别光看最两端的点，要看中间的过程是怎么变化的
Q:
是的
A:
TS结构做振动分析的时候末尾是四个YES么？
Q:
是的
我这是一个H键的摆动过程，irc显示总是从反应物摆动到产物，然后又摆回到反应物
但是我调整了好多种过渡态，最终都优化到同一个TS了
A:
你把IRC的能量曲线图贴上来
Q:
一次
A:
既然这么摆，岂不是产物就成了TS
Q:
是的
A:
那怎么能叫产物
没虚频的才叫产物
Q:
但我要的就是那个结构
等等
[图片]
我么？
A:
尖端不够平滑，有鬼
tight标准结合int=ultrafine结合calcall重新定位TS然后再做一次
要么就先尝试我说的增加步长
Q:
请问怎么增加步长呢？这个我没试过呐
A:
maxstep=20
Q:
就是这一步，我好多个体系都出现同样的问题
但是有几个体系又可以
A:
发过N次的一张图
[图片]
所以不想再发，要不然没意思
Q:
主要calcall实在算不动
A:
先tight嘛
Q:
嗯我也觉得过渡态不精准，但就是怎么调整都没用
不知道大家有什么好方法吗？
A:
步长
tight
calcall
----------------------------------------------------
2015.09.21 21:52:37
Q:
大神看到一大串数据顿感无趣，现在简化下：
c of m coords
1 x1 y1 z1
……
n xn yn zn
Full Moment of inertia matrix:
1 xx
2 xy yy
3 xz yz zz
Prin moments 对角化后矩阵
对角化的特征向量
coords after full-mass inertial transform
1 x1' y1' z1'
……
n xn' yn' zn'
请问：“c of m coords”坐标怎样与“coords after full-mass inertial transform”坐标转换？
A:
反正也有源代码，看看源码就知道了
----------------------------------------------------
2015.09.21 21:55:33
Q:
求问大神：DFT计算频率和MP2相比，哪个更可靠呢？
A:
乘了校正因子后半斤八两
Q:
mp2高斯计算怎么怎么慢
A:
相对来说B3LYP乘了校正因子比MP2乘了校正因子后更好点
得分什么泛函
而且MP2又不是金标准
Q:
看了一篇JCTC的文献，说了MP2算的不同π体系和水的化合物与m062x的hessian指数不同的比较多，就觉得密度泛函在确定PES方面不好，这影响红外光谱的计算吗？
A:
[图片]
这张图是乘了校正因子后的基频RMS误差，可见MP2还不如B3LYP呢
----------------------------------------------------
2015.09.21 22:16:18
Q:
[图片]请问，这里的lewis式指的是什么呢？是sob老师写的帖子
A:
http://baike.baidu.com/link?url=-NJMDvCqDBDnGlKLcTr2sqmulmAOj8a-evBJ17AeuDcmJ_rfuQb1Qv4T8rsBIUXzpoqkcafyRSOkBTYOfyUaBa
----------------------------------------------------
2015.09.21 22:21:20
Q:
请问老师没有添加弥散函数，scf还是不收敛，这个scf收不收敛和初始结构有关系吗？
A:
有一定关系。
比如非平衡结构、严重扭曲的情况不如平衡结构好收敛
电子结构越怪，前线能级简并程度越高，越不好收敛，这是整体的大趋势
Q:
恩恩，那老师的建议还是修改结构吧
A:
不是
你如果觉得当前结构基本合理，调整结构是靠后的解决策略
Q:
那还可以添加什么关键词什么的来帮助scf修改吗？
A:
看博文
----------------------------------------------------
2015.09.21 23:50:17
Q:
请问下羰基和水化层中的水分子之间是通过氢键作用还是静电作用？能区分吗？
A:
氢键是弱相互作用中典型的一类
而静电作用是其主要本质
不是一个层面的
----------------------------------------------------
2015.09.21 23:50:29
Q:
sob老师经典帖在哪里
A:
sobereva.com
----------------------------------------------------
2015.09.22 00:57:05
Q:
http://www.taodocs.com/p-5371680.html请问有人可以帮我下载这篇论文吗？
放心啦我不会发送病毒的
A:
不是病毒网页，但是弹出个很讨厌的广告
----------------------------------------------------
2015.09.22 16:22:17
Q:
polarizable-embedding，请问极性嵌入如何实现
群主，gaussian可以做polarizable-embedding吗
A:
不行
----------------------------------------------------
2015.09.22 16:22:17
Q:
[图片]
各位前辈们，我在尝试做过渡态的反应，这是乙烯跟氢气的加成反应，大家帮我看看哪里出错了呀，谢谢~
A:
别写modred，同时确认QST2坐标部分输入的格式合理。
不熟悉过渡态搜索就先用opt(calcfc,TS,noeigen)来练手
----------------------------------------------------
2015.09.22 16:22:17
Q:
[图片]各位老师 opt 出现这种情况有什么好的解决之道吗
A:
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
----------------------------------------------------
2015.09.22 16:22:17
Q:
没钱，用不起 Mac……
A:
实际上，有多少钱我也不用Mac
----------------------------------------------------
2015.09.22 16:22:17
Q:
[图片]请问下，在G03里这么写关键词为何会报错呢？我看手册里charge部分[图片]
A:
那是units=bohr
----------------------------------------------------
2015.09.22 16:22:17
Q:
lanl2dz最好还是到基组库里去拷贝这个基组不是高斯自带有吗？
A:
不要被误导，lanl2DZ用不着去EMSL拷，自带的没问题。
----------------------------------------------------
2015.09.22 16:22:17
Q:
sob老师，请教您一个问题
请问前五个周期的元素有没有通用的基组啊
比如LanL1dz cc-pvtz什么的
哪些是自带的啊
就是说这个基组还是到https://bse.pnl.gov/bse/portal这个网站去copy喽？
还有一个问题 lal2dz和cc-pVTZ比哪个更精确你
计算两个过渡金属原子的稳定距离和能量
那就lal2dz ecp
cc-pvtz有赝势吗
那就用lal2dz拉
只有一个院子
两个赝势之间需要****吗
还是如何来处理呢
我需要定义两个元素的赝势
基组之间需要有****隔开
thx very much
前辈，能否帮我看下这个输入文件哪里不对啊
怎么总是不成功呢
%chk=InAg.chk
%mem=1gb
%nproc=4
#p pbe/gen pseudo=read opt
Title Card Required
0 3
In -1.09473568 0.73989793 0.00000000
Ag 0.40382661 0.80555659 0.00000000
In 0
S 2 1.00
0.4915000 -4.2418681
0.3404000 4.4784826
S 1 1.00
0.0774000 1.0000000
P 2 1.00
0.9755000 -0.1226473
0.1550000 1.0417571
P 1 1.00
0.0474000 1.0000000
****
Tl 0
S 2 1.00
0.5355000 -0.8008350
0.3082000 0.9220130
S 1 1.00
0.0818300 1.0000000
P 2 1.00
0.7977000 -0.0690671
0.1498000 0.5109710
P 1 1.00
0.0443500 1.0000000
D 2 1.00
8.6550000 0.0156029
1.4150000 0.6226510
D 1 1.00
0.4442000 1.0000000
****
IN 0
IN-ECP 3 46
f-ul potential
5
0 0.1802071 -0.0639031
1 33.0176528 -29.9082901
2 9.7219749 -63.3446824
2 2.3481578 -19.0058428
2 0.7226853 -2.5161921
s-ul potential
5
0 173.1403228 3.2301607
1 58.2752431 76.7809140
2 21.1294304 245.4770760
2 5.9581061 79.2892721
2 1.4830272 26.4089460
p-ul potential
5
0 35.9438033 4.4690290
1 11.2431083 43.6473399
2 3.5340830 50.7565406
2 1.4120937 -48.6730017
2 1.2828947 58.7692653
d-ul potential
5
0 42.6276817 3.1020770
1 14.5649330 36.5445090
2 5.5505378 48.8041808
2 1.8351485 19.4362361
2 0.5288122 3.9855647
TL 0
TL-ECP 4 68
g-ul potential
6
0 373.7910783 -0.1746222
1 99.0222044 -24.5858057
1 17.6844640 -28.5214719
2 8.6281221 -47.9977348
2 3.0353877 -13.1733337
2 1.1191950 -1.1972529
s-ul potential
5
0 169.8812365 2.7960747
1 58.2434958 74.9062731
2 21.7281484 264.3323823
2 6.6359251 102.3427683
2 1.4615973 30.3054582
p-ul potential
6
0 248.9438809 1.9719244
1 84.6601414 70.0368448
2 33.9674109 286.7645766
2 11.5239104 141.4003647
2 3.5354358 45.0490130
2 0.9512915 16.4655317
d-ul potential
6
0 86.2036829 3.0725115
1 76.0280558 43.1809603
2 26.2846764 302.7696484
2 3.3191097 116.3041971
2 2.7009368 -59.3066449
2 0.5492105 -0.2462594
f-ul potential
6
0 115.9461675 3.9888161
1 43.7443988 54.4481186
2 46.4937231 89.8756016
2 13.2848999 187.3744788
2 2.5347097 15.3552927
2 0.7670500 -0.6439303
总是提示说QPErr --- An ambiguous keyword was detected.
#p pbe/gen pseudo=read opt
改成pw91也不行啊
都是6-31G就能搞定的
%chk=InTl.chk
%mem=1gb
%nproc=4
#p pbepbe/gen pseudo=read opt
Title Card Required
0 3
In -1.09473568 0.73989793 0.00000000
Tl 0.40382661 0.80555659 0.00000000
In 0
S 2 1.00
0.4915000 -4.2418681
0.3404000 4.4784826
S 1 1.00
0.0774000 1.0000000
P 2 1.00
0.9755000 -0.1226473
0.1550000 1.0417571
P 1 1.00
0.0474000 1.0000000
****
Tl 0
S 2 1.00
0.5355000 -0.8008350
0.3082000 0.9220130
S 1 1.00
0.0818300 1.0000000
P 2 1.00
0.7977000 -0.0690671
0.1498000 0.5109710
P 1 1.00
0.0443500 1.0000000
D 2 1.00
8.6550000 0.0156029
1.4150000 0.6226510
D 1 1.00
0.4442000 1.0000000
****
IN 0
IN-ECP 3 46
f-ul potential
5
0 0.1802071 -0.0639031
1 33.0176528 -29.9082901
2 9.7219749 -63.3446824
2 2.3481578 -19.0058428
2 0.7226853 -2.5161921
s-ul potential
5
0 173.1403228 3.2301607
1 58.2752431 76.7809140
2 21.1294304 245.4770760
2 5.9581061 79.2892721
2 1.4830272 26.4089460
p-ul potential
5
0 35.9438033 4.4690290
1 11.2431083 43.6473399
2 3.5340830 50.7565406
2 1.4120937 -48.6730017
2 1.2828947 58.7692653
d-ul potential
5
0 42.6276817 3.1020770
1 14.5649330 36.5445090
2 5.5505378 48.8041808
2 1.8351485 19.4362361
2 0.5288122 3.9855647
TL 0
TL-ECP 4 68
g-ul potential
6
0 373.7910783 -0.1746222
1 99.0222044 -24.5858057
1 17.6844640 -28.5214719
2 8.6281221 -47.9977348
2 3.0353877 -13.1733337
2 1.1191950 -1.1972529
s-ul potential
5
0 169.8812365 2.7960747
1 58.2434958 74.9062731
2 21.7281484 264.3323823
2 6.6359251 102.3427683
2 1.4615973 30.3054582
p-ul potential
6
0 248.9438809 1.9719244
1 84.6601414 70.0368448
2 33.9674109 286.7645766
2 11.5239104 141.4003647
2 3.5354358 45.0490130
2 0.9512915 16.4655317
d-ul potential
6
0 86.2036829 3.0725115
1 76.0280558 43.1809603
2 26.2846764 302.7696484
2 3.3191097 116.3041971
2 2.7009368 -59.3066449
2 0.5492105 -0.2462594
f-ul potential
6
0 115.9461675 3.9888161
1 43.7443988 54.4481186
2 46.4937231 89.8756016
2 13.2848999 187.3744788
2 2.5347097 15.3552927
2 0.7670500 -0.6439303
A:
lanl2dz和cc-pVTZ没有可比性，看你算什么元素。都有定义的话显然后者精确
cc-pVTZ赝势版本是cc-pVTZ-PP
def2系列
----------------------------------------------------
2015.09.22 16:22:17
Q:
输入文件%chk=12sixp19NAO.chk
%nprocshared=6
%mem=12GB
#p freq b3lyp/genecp pop=nboread
Title Card Required
1 1
分子坐标
$NBO NAOMO $END
C O H 0
6-31g**
****
Ti 0
lanl2dz
****
Ti 0
lanl2dz
输出文件报错 Rotational constants (GHZ): 0.1415298 0.0713967 0.0639911
Leave Link 202 at Tue Sep 22 10:17:36 2015, MaxMem= 1610612736 cpu: 0.0
(Enter /home/py/ntrip/soft/g09/l301.exe)
General basis read from cards: (5D, 7F)
Unrecognized atomic symbol $NBO
Error termination via Lnk1e in /home/py/ntrip/soft/g09/l301.exe at Tue Sep 22 10:17:36 2015.
Job cpu time: 0 days 0 hours 0 minutes 0.6 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 5 Int= 0 D2E= 0 Chk= 1 Scr= 1
请问老师如何解决
A:
$NBO写自定义基组/赝势后面去
和lanl2DZ毫无关系
----------------------------------------------------
2015.09.22 16:22:17
Q:
怎么固定某些原子进行柔性扫描啊
老师，一师姐告诉我在原子后加上1表示该原子固定，加0表示可以旋转，请问我可以控制某些原子进行柔性扫描找过渡态吗？@Sobereva
A:
modredundant柔性扫描时有专门设定扫描哪些变量的额写法，也有控制那些原子固定的写法（F），不要把固定笛卡尔坐标的写法和modredundant的写法搅合在一起。
而且，固定笛卡尔坐标也不是1而是-1。
----------------------------------------------------
2015.09.22 16:22:17
Q:
老师我想用此文件进行NAO电荷分析，但载入multiwfn中，按0查看分子结构，结果为空白，不能显示啊@Sobereva
哦哦，需要FCHK文件看是吗
谢谢娃娃提示啊
[图片]
为什么转化不成fchk文件啊
我平时转化没有问题啊
A:
此文件是什么文件？Multiwfn能支持的格式在手册2.5节有明示，随便提供一个Multiwfn不认识的文件当然显示为空。
你若看轨道，先仔细看此文
用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269
----------------------------------------------------
2015.09.22 16:22:17
Q:
请教 biradical的体系应该怎么处理？
A:
谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态
http://sobereva.com/82
CASSCF计算双自由基以及双自由基特征的计算
http://sobereva.com/264
----------------------------------------------------
2015.09.22 16:22:17
Q:
[图片]大家有没有遇到过在SSH上下载下来的chk文件最近是这个，以前也没有，也不知道问题出在哪里，大家遇见过吗？求指教
娃娃你的意思是chk文件不能被高斯打开还是我的GV打不开我的chk文件，因为在GV里面我要打开chk文件来粗略的看看一些图片[图片]
谢谢，我来试试
A:
gv可以打开chk文件，前提是你的chk文件就是在本机产生的，否则gv没法自动调用formchk来正常转换、调用cubegen来产生MO格点数据
----------------------------------------------------
2015.09.22 16:22:17
Q:
一个同事发给我一个晶体，我取出了晶体对应的分子(取出后发现总电子个数居然是奇数个，第一次见到这种情况)。接着做了紫外光谱计算，命令# td=(singlets,nstates=25,root=1) b3lyp/6-31g scf=xqc 。
所得结果中第一个吸收峰的波长居然是负数： Excited State 1: 3.475-A -0.7573 eV -1637.11 nm f=-0.0000 <S**2>=2.769 (这种情况不知道怎么理解)。另外，所得光谱也很意外，Multiwfn打开后选择
采用Multiwfn.exe打开out文件，选择11(plot IR/Raman/UV-VIS/ECD/VCD spectrum)-3(UV-Vis)-2(Export X-Y data set of lines and curves to plain text file)-0后所得结果如下图
[图片]
第二个 Excited State 2: 2.033-A 0.3564 eV 3478.88 nm f=0.0036 <S**2>=0.784
第二十五个 Excited State 25: 2.266-A 1.9283 eV 642.98 nm f=0.0001 <S**2>=1.034
楼上两位可否帮忙看下我的问题
A:
负值是因为基态波函数不稳定。此时Multiwfn默认设定下没法正常作图。
----------------------------------------------------
2015.09.22 16:22:17
Q:
求各位好心人帮帮忙！多谢了！在b3lyp/6-311+g(d,p) 条件下频率校正因子是多少？
没有这个吧
我也查了，但不到知道为什么没有该条件下的
A:
谈谈谐振频率校正因子
http://sobereva.com/221
文中说了怎么解决没有恰好能用的校正因子的策略
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2015.09.22 16:22:17
Q:
老师你好，请问像这类激发态的偶极矩的方向是怎么确定的？谢谢[图片]
A:
就是按照<psi1|-r|psi2>这么算的。r是矢量。
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2015.09.22 16:38:19
Q:
sob老师好，multiwfn计算hole-electron的重叠度S，有没有相关的参考文献？@Sobereva
A:
无
要引就引Multiwfn手册就行了
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2015.09.22 16:55:48
Q:
昨天我问的在Gaussian09 D01 下计算 Fermi 共振的问题，的确应该是 freq(anharmonic) 关键词下的，另外，我没有加 Fermi 关键词，输出结果里直接给出了 Fermi resonance 的结果。
[图片]
绿色方框标记的是基频的振动模编号，蓝色方框标记的是合频的振动模编号，不过我不太清楚 PT2-Variat. Diff. （红色方框标记）指的是 VPT2方法和什么之间的差别。Variat. 应该是上面 Thersholds里的 Variational ，但是我不清楚是什么方法…… 想请教一下老师。
[图片]
A:
可以看看手册里引的原文，字面上似乎是PT2这种微扰处理与某种变分方法求解的差异。
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2015.09.22 17:09:48
Q:
[图片]这个是什么错误，老师。
A:
找不到高斯目录，会导致没法自动调用formchk、cubegen、g09
Q:
这个不是错去吧
直接点ok
A:
确保先装了高斯，然后把gv装到了与之相同的目录
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2015.09.22 17:14:4
Q:
Sob老师，我用的gmx做的md，蛋白质可以结合zn离子，位点分别为HIS36 His122 His186 His261。但我刚才对MD的结果进行盐桥分析时，发现Zn离子与Glu236形成盐桥了，这个正常吗？
A:
从轨迹上肉眼看，来判断分析结果是否正常
Q:
理论上来讲，蛋白质的zn结合位点是已知的，那这个zn是不是只能与这四个残基结合，而不可能与其他残基形成盐桥？是这样吗，我不太懂
A:
Hongyibaixue 如果是因为Zn跑走了，导致和离它较远的残基形成盐桥，那就不合理了
Q:
Gromos 力场可以识别Zn2+, Zn2+也只是作为一个游离的离子, 也就是只是一个vdw的球
A:
Zn如果和残基光靠静电作用在模拟中结合不稳，那就加点限制势之类
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2015.09.22 17:14:4
A:
高斯计算中，可以设置同一种元素用不同的基组吗？比如有四个O原子，其中两个O原子用6-31g（d),另外两个用6-311g（d）。可以吗？要怎么做
A:
可以，用原子编号来定义就行了
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
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2015.09.22 17:25:26
Q:
我有个同学以前做过，他说用“charge(au)"关键词，表示背景电荷坐标单位是波尔。。这样也行吗
A:
背景电荷的电量默认就是a.u.，你只需要写charge关键词就够了
Q:
就说charge(au)只表示电量单位是au，不表示电荷坐标的单位是au?
电荷坐标单位还得写unit=bohrs吧
A:
电荷单位和坐标单位完全是两码事
恩
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2015.09.22 17:50:39
Q:
Error in internal coordinate system.
Error termination via Lnk1e in /opt/g09/l103.exe这个错误怎么解决
A:
opt=cartesian
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2015.09.22 17:50:4
Q:
宏剑到底是分成几个公司了
A:
并没有分，只是以前有的人离开了
Q:
现在貌似没有公司网站了
宏剑的名声不好，卖盗版，卖XX
http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=2697822&fpage=1&target=blank
我的这个程序算不算接口程序？
A:
http://www.hongcam.com.cn/
可以正常访问
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2015.09.22 18:46:13
Q:
书名是Electronic structure modeling——Connections between theory and software
[图片] 墨家弟子分享文件 18:45:37
"量子化学计算程序是如何写成的.rar" 下载
上传成功
A:
真是标题党
PS：此书在群专用邮箱里有
Q:
不过貌似没有讲怎么写程序
还是套话一堆
怎么用gaussian看sob的基础班就好
A:
讲量化程序怎么写的目前只有cook那一本
其它的也有讲代码的都是半经验的程序，都是老书
另外讲H2、HeH+的有梦藏秋写的文章和szabo那本书的附录
Q:
国内的老书有几本后面有讲程序如何写
其实知道原理，然后有代码注释会对原理加深了解
廖木真的书后
我觉得如果量化编程有 computer simulation of liquids那本书那样就好了
那本书的程序清晰明了，非常适合新手
看完后，就知道什么是速度verlet算法，并且怎么实现它了
A:
主要是量化的算法远远远远比MD复杂得多
相比双电子积分计算，MD的算法简直是小儿科（复杂的也就是PME那块儿）
Q:
为什么Hartreefock不涉及格点积分这些呢
A:
因为HF涉及的电子积分全都能解析地积分出来，而DFT的泛函形式往往很复杂，而且种类很多，不可能每一个泛函都写一个积分代码，所以就用通用的格点方法来积分了。但是GAMESS-US也支持一部分泛函的解析积分，不依赖于格点。
Q:
哦哦，也就是说<ψ|Vxc|ψ>没有解析的形式，必须数值法去弄吧
A:
对
Q:
大神，生成小分子的resp电荷，提交高斯任务后计算出来的坐标会变，不是原来的小分子坐标了，怎么解决啊？
那个数值方法在格点很密时其实相当准确，也没必要纠结
A:
LDA的交换部分很简单，解析积分超容易。但LDA的相关部分就已经很复杂了。
Q:
我试过用gaussian的ultrafine跟把gamess格点取的很大对比。结果还是有差距，将近一个Hartree了。
[图片]谢谢sob
A:
也注意是否是其它因素导致，比如高斯的B3LYP用的是VWN3，GAMESS-US的B3LYP默认用的是VWN5
Q:
我曾经对比过，ORCA和Gaussian的HF，CCSD等数值结果几乎一样，但是DFT总是有很大差别，可能是格点细节不同
嗯嗯，新版的gamess也支持VWN3了，不过不是默认的
另外，Gaussian用了些很高级的方法处理格点，可能也会导至结果不同。不过只要相对能量一致就可以
A:
ultrafine其实也不算很高，还可以用更高的比如int=grid=300590
Q:
那么，写DFT程序难度就在 <ψ|Vxc|ψ> 积分这里了吧
A:
一直都可以写B3LYPV3来用VWN3
Q:
ψ|Vxc|ψ> 积分其实没什么难度
难度还是在于那个恶心的双电子积分
A:
[图片]
怕难的话可以先从GGA入手
Q:
这些电子积分不都是积好了，放在那里么？
双电子积分是所有解薛定谔方程必须面对的
高斯经常用这么一种方式来调戏我
正好在学DFT
A:
因为不好算啊。
也可以用其它程序先把积分打印出来，再用你自己的程序来读。要么就用现成的积分库来搞。
Q:
计算量是积分带来的多，还是后面矩阵操作带来的多呢（对角化、求逆）？
感觉CCL上面有很多程序，但是注释很差
gaussian源代码注释貌似也不好
自己写双电子积分程序需要考虑大量恶心的细节，而且准确性是个大问题。比如现代量化中经常同时有指数10000和0.01的基函数同时出现，一个不注意，这个积分的数值准确性就大大降低
A:
HF/DFT的尺度，对角化、求逆耗不了多少时间
计算量首先是积分，其次是构建fock矩阵
注释得相当差，算是量化代码里比较难读的
Q:
所以看不懂，真心看不懂，multiwfn就注释的很好
我觉得就是自私导致的，我们实验室很多人做实验也是只顾自己，不管后来者
不考虑长远
根据我自己写程序的经验，注释是这个样子的。
写到10行时，我会优雅的写上改写的注释
写到100行时，会胡乱写几笔注释
写到1000行时，才懒得写注释[Emoticon]
那就苦了后来者了
A:
我记性差，关键地方不写注释以后可能费很大劲才能回忆起来当初思路
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2015.09.22 18:52:00
Q:
老师，在利用Multiwfn计算超极化率的时候，到底该看哪一个为好呢？
A:
看目的了。
比如衡量大小，你看第一个，然而实验上只能测||的。Z分量则跟你计算时分子朝向有关
Q:
[图片]老师，一般计算的结果就这么几个值，一般取哪一个好呢
哦，刚才我有个同学说他用Multiwfn计算的超极化率值和利用高斯计算得到的分量的值经过公式计算得到的不一样
故让我来问问老师是怎么回事
A:
Multiwfn输出的是没问题的，反复对比测试过
Multiwfn里的都是严格按照手册里的公式输出的
Q:
也就是说，不管实验的结果的话，只需要考虑第一个就可以了是吧
A:
高斯自己输出的也可能差个系数差个符号什么的
对
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2015.09.22 19:02:03
Q:
sob，那你的意思是量化的算法几乎需要计算数学专业的才能摸得透？
弗吉尼亚理工那个写双电子积分libint计算的写了七八年
梦藏秋，你的什么帖子
老师们能总结一个量化程序编写的书目吗？
http://struchem.nankai.edu.cn/software/h2model_EN.pdf
中文版
http://struchem.nankai.edu.cn/software/H2MODEL_cn.pdf
这个估计玄，我觉得以后我们可以资助sob搞出一个教学程序
程序代码
http://struchem.nankai.edu.cn/software/H2MODEL_program.rar
A:
也不一定非得数学专业的
不过值得一提的pople当年拿的是数学博士学位
Q:
做应用，对数学要求没那么高
A:
搞量化应用的，更需要化学直觉，化学出身会好点
但是搞hardcore量化算法的，无疑数学、物理、计算机出身的会更好。
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2015.09.22 19:08:41
Q:
sob，像MS那样的软件，万一代码编译出现失败怎么办？
A:
一块一块儿编译，最后link起来，哪个模块出错了重新编译哪
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2015.09.22 19:57:52
Q:
老师您好，利用multiwfn画分子体积图时，[图片]教程中所述水分子结构文件，我应该如何得到这样的结构文件？谢谢老师
A:
高斯优化完，保存成pdb文件
Q:
请问老师，还是刚刚的那个教程[图片]这个教程中说到利用multiwfn得到最远距离后，还需要加上H的范德华半径1.2埃，请问老师，这样的范德华半径是都需要从文献中寻找吗？您所说的这篇文献 J. Phys. Chem. 1964,68,441.上面所有的元素都有吗？还是不同的元素都需要去找相应的文献？谢谢老师
A:
下下来文献一看就知道
Q:
老师，可否在这个体积图中像刚刚那个范德华表面穿透一样直接标注出分子半径（虚线加数值）呢？谢谢老师[图片]
A:
ps
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2015.09.22 19:58:33
Q:
sob老师在吗
请教您一个问题
我想计算一下In和Tl两个原子稳定时的间距
这么书写输入文件对吗
%chk=InTl.chk
%mem=1gb
%nproc=1
#p pbepbe/gen pseudo=read opt
aa
0 3
In -1.09473568 0.73989793 0.00000000
Tl 0.40382661 0.80555659 0.00000000
In 0
S 2 1.00
0.4915000 -4.2418681
0.3404000 4.4784826
S 1 1.00
0.0774000 1.0000000
P 2 1.00
0.9755000 -0.1226473
0.1550000 1.0417571
P 1 1.00
0.0474000 1.0000000
****
IN 0
IN-ECP 3 46
f-ul potential
5
0 0.1802071 -0.0639031
1 33.0176528 -29.9082901
2 9.7219749 -63.3446824
2 2.3481578 -19.0058428
2 0.7226853 -2.5161921
s-ul potential
5
0 173.1403228 3.2301607
1 58.2752431 76.7809140
2 21.1294304 245.4770760
2 5.9581061 79.2892721
2 1.4830272 26.4089460
p-ul potential
5
0 35.9438033 4.4690290
1 11.2431083 43.6473399
2 3.5340830 50.7565406
2 1.4120937 -48.6730017
2 1.2828947 58.7692653
d-ul potential
5
0 42.6276817 3.1020770
1 14.5649330 36.5445090
2 5.5505378 48.8041808
2 1.8351485 19.4362361
2 0.5288122 3.9855647
Tl 0
S 2 1.00
0.5355000 -0.8008350
0.3082000 0.9220130
S 1 1.00
0.0818300 1.0000000
P 2 1.00
0.7977000 -0.0690671
0.1498000 0.5109710
P 1 1.00
0.0443500 1.0000000
D 2 1.00
8.6550000 0.0156029
1.4150000 0.6226510
D 1 1.00
0.4442000 1.0000000
****
TL 0
TL-ECP 4 68
g-ul potential
6
0 373.7910783 -0.1746222
1 99.0222044 -24.5858057
1 17.6844640 -28.5214719
2 8.6281221 -47.9977348
2 3.0353877 -13.1733337
2 1.1191950 -1.1972529
s-ul potential
5
0 169.8812365 2.7960747
1 58.2434958 74.9062731
2 21.7281484 264.3323823
2 6.6359251 102.3427683
2 1.4615973 30.3054582
p-ul potential
6
0 248.9438809 1.9719244
1 84.6601414 70.0368448
2 33.9674109 286.7645766
2 11.5239104 141.4003647
2 3.5354358 45.0490130
2 0.9512915 16.4655317
d-ul potential
6
0 86.2036829 3.0725115
1 76.0280558 43.1809603
2 26.2846764 302.7696484
2 3.3191097 116.3041971
2 2.7009368 -59.3066449
2 0.5492105 -0.2462594
f-ul potential
6
0 115.9461675 3.9888161
1 43.7443988 54.4481186
2 46.4937231 89.8756016
2 13.2848999 187.3744788
2 2.5347097 15.3552927
2 0.7670500 -0.6439303
A:
不对，先定义完两个原子的基组，在定义两个原子的赝势
Q:
两个赝势之间用什么隔开呢
请问是空一行隔开吗
还是用****
A:
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
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2015.09.22 20:10:57
Q:
要面临转博的问题了，求问各位怎么选择啊，做理论就硕士而言，出去不好找工作，但是读了博，再想回头就难了。
A:
那就一定别读博
Q:
未必，我的硕士灌水了很多文章，照样面试机会很多
有些时候老板只是关注你是否优秀，你再计算化学这一行你能做到优秀，也能找到很好的工作，但是如果不优秀，你就算做实验，我觉得也很难有很好的前景，ps,我也是不优秀的人，所以只能得过且过[Emoticon]
我可否读博的过程中分出心做一点自己未来喜欢做的，积攒一点基础。毕竟我们现在的理论工作博士毕业还是妥妥的。
博士比硕士找那种非专业要求高的工作要难;
只是我觉得博士阶段如果真的做了点东西，找工作还是不难的
那种专业要求高的工作博士是容易找但你既然不喜欢以后也别折磨自己
还得硕博连着读～[Emoticon]
ta是不喜欢这个专业那博士出来之后找非专业的通用工作比硕士的劣势大很多毕竟那种工作是看年龄的年轻的要好
做理论的，操作一个黑箱子，出来结果分析，总结，我一点没敢把自己现在做的这些叫做科研，我一般都叫做日常工作。
A:
我的看法是：觉得可读可不读就别读，不想读就更别读
虽然也有例外读了之后发现值了，但这样几率很低。
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2015.09.22 20:18:01
Q:
zpe scaling factor哪里有？
A:
谈谈谐振频率校正因子
http://sobereva.com/221
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2015.09.22 20:18:20
Q:
老师您好，请问老师下图中的虚线及数字是如何在VMD中标注出来呢？谢谢老师[图片]
A:
按数字键2，然后点击两个表面顶点
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2015.09.22 20:19:36
Q:
请问为啥ms里面的PBE到了高斯里面就变成了PBEPBE
是一个泛函吗
请问pbepbe和ms里的pbe是一个东西吗
A:
[图片]
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2015.09.22 20:21:56
Q:
sob老师带学生不
A:
不给学位证，不发补助[图片]
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2015.09.22 20:22:34
Q:
老师下图转化为fchk文件无反应啊，什么缘故？
[图片]
A:
去掉g09
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2015.09.22 20:35:44
Q:
我的意思是量化毕竟高达上了点，虽然现在门槛也低了
现在就算叫我去教高中，我觉得我的课也会比没学过量化的人讲的生动
感觉做了做题，那感觉又回来了
当年化学竞赛，我做了很多题
把量化的方程拿给高中生，他们以为到了火星了
A:
对我而言，当自己对物质本质了解得很透彻了，再去讲高中那些很多都是骗人的玩意，会觉得很不愉悦
Q:
高中的东西都是理论上的
A:
以前参加竞赛时，看了普化、无机、有机、物化，然后觉得高中化学书没法看
----------------------------------------------------
2015.09.22 21:47:07
Q:
请问各位老师能看键的伸缩振动频率的除了gaussview还有哪一个软件呢？谢谢老师
A:
chemcraft
----------------------------------------------------
2015.09.22 21:48:11
Q:
[图片]请问大神，VMD怎么渲染这样的水啊
A:
用quicksurf之类方式显示水盒子，用透明材质显示
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2015.09.22 21:49:41
Q:
老师，multiwfn经常无故退出怎么回事啊
A:
操作不对
Q:
算完了一闪就没了
A:
1 操作不对，仔细看屏幕提示和手册解决。
2 输入文件有毛病。
3 系统问题，诸如32bit windows内存上限限制太大。
没有具体情况说明没法回复具体原因
----------------------------------------------------
2015.09.22 21:57:57
Q:
您还有时间复杂度的哪个图吗？
O(N)
A:
[图片]
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2015.09.22 23:24:48
Q:
问卷调查，你还相信爱情吗？
据说信的都有对象[Emoticon]
爱情也算是种信念吧，人还是有点信念为好
我带着这个信念已经20多年了，还是单身狗
A:
你还年轻，不要悲观
Q:
sob老师都出来安慰你了[Emoticon]
公布我13个群问卷调查结果：不相信的占大多数。
短期之内遭受挫折就容易放弃[Emoticon]
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2015.09.22 23:38:47
Q:
问卷调查，你还相信爱情吗？
旅程 2015/9/22 23:16:27
不相信
23:17:17
潇湘夜雨 2015/9/22 23:17:17
爱情是有的…
旅程 2015/9/22 23:17:51
爱情，不是有人说体内生成一种多巴胺
旅程 2015/9/22 23:18:30
当这种物质消失更多的是习惯和依赖，那么爱情在哪
23:23:53
【尚书】鹦鹉螺
。。
【丞相】碰不到的光 2015/9/22 23:14:53
相信一半
【尚书】鹦鹉螺 2015/9/22 23:15:09
爱情是上夸克下夸克电子组成的
【尚书】鹦鹉螺 2015/9/22 23:15:55
[沧桑]
【尚书】鹦鹉螺 2015/9/22 23:16:08
相信
23:18:09
【皇帝】卖报的小画家幾米 2015/9/22 23:18:09
首先
【皇帝】卖报的小画家幾米 2015/9/22 23:18:14
我不知道什么是爱情
【皇帝】卖报的小画家幾米 2015/9/22 23:18:16
所以
【皇帝】卖报的小画家幾米 2015/9/22 23:18:18
。。。。
【尚书】鹦鹉螺 2015/9/22 23:19:02
。。爱情是化学物质
汝可持否？
凡是不相信的，已经失去了
Βασιλεία Ρωμαίων 2015/9/22 23:15:56
这句话大有深意啊！
23:16:19
盗火 2015/9/22 23:16:19
如果从来就没相信过呢
Βασιλεία Ρωμαίων 2015/9/22 23:16:47
那就是和尚。
汝可持否？ 2015/9/22 23:17:57
一切成空的信念，该是女人的，现在被太多的男人抢去了
23:18:53
汝可持否？ 2015/9/22 23:18:53
只有女人执着每次拥有与每次分离
汝可持否？ 2015/9/22 23:19:55
最后往返空虚，撒手而去，女人是最真有体会的
23:22:08
盗火 2015/9/22 23:22:08
爱情本来就是女人家的东西
楚姬 2015/9/22 23:22:39
取决于自己吧，你相信，就存在，你不相信，就不存在
【高中】小雨·汘汘
不信
【初中】没有人 2015/9/22 23:18:36
不信
【大学】逝年 2015/9/22 23:18:46
这个可以信
【高中】GM海因里 2015/9/22 23:19:04
哪要问问年龄
23:23:48
【大学】等离子 2015/9/22 23:23:48
薛定谔真复杂啊
淡，一切很淡
你确定有爱情？
23:16:00
火树银花 2015/9/22 23:16:00
无痕 2015/9/22 23:16:22
我确定有爱情，你相信吗
火树银花 2015/9/22 23:16:24
理想来说我相信
无痕 2015/9/22 23:16:29
我确定木爱情，你相信吗
无痕 2015/9/22 23:16:40
哈哈
火树银花 2015/9/22 23:16:50
现实来说我会爱上爱情
淡，一切很淡 2015/9/22 23:17:08
你先把什么是爱情搞清楚，你就知道信不信了
火树银花 2015/9/22 23:17:27
没有情色成分
23:18:35
火树银花 2015/9/22 23:18:35
什么是爱占据了我三个不得其解惊心动魄的其中一个
火树银花 2015/9/22 23:19:45
以前无意中看到美国学者也是针对爱情做的研究
23:21:02
火树银花 2015/9/22 23:21:02
关于他的解释爱千百来回最后犹如亲临其境这是他的阐述
23:23:13
火树银花 2015/9/22 23:23:13
尚且西方国家崇尚精神恋爱五十不结婚大把不是说爱就一定要结婚而是在我国谈爱合适吗
淡，一切很淡 2015/9/22 23:24:25
爱情就是一种感觉，这种感觉是真实存在的，存在不到你信不信，当然说这话是有前提的。这问题可以说成，你相信感觉吗？要是要回答，在前面说的前提下，答案是相信
【助理研究员】泰戈尔
相信
【助理研究员】泰戈尔 2015/9/22 23:13:59
但是也相信很多人没有享受过爱情。
【中学生】逸然－珏琰 2015/9/22 23:14:09
不相信→_→
23:15:54
【助理研究员】泰戈尔 2015/9/22 23:15:54
我估计现在的人至少有18%没有感受过爱情。
【助理研究员】泰戈尔 2015/9/22 23:16:03
我估计现在的人至少有80%没有感受过爱情。
【助理研究员】泰戈尔 2015/9/22 23:16:26
所以很多人不相信有爱情也是情有可原的。
【助理研究员】泰戈尔 2015/9/22 23:17:18
爱情这东西不是想要就能要，想给就能给的。
23:17:56
【助理研究员】泰戈尔 2015/9/22 23:17:56
是心灵上的一种牵绊和相通。
【硕士生】樱花烂漫时我接你回家。 2015/9/22 23:18:10
然井用
【中学生】逸然－珏琰 2015/9/22 23:18:25
[Emoticon][Emoticon]
【助理研究员】泰戈尔 2015/9/22 23:19:05
它不一定有多美，更多的可能是苦涩和负疚的感觉。
【硕士生】樱花烂漫时我接你回家。 2015/9/22 23:19:32
对那玩意儿没兴趣
23:21:05
【助理研究员】泰戈尔 2015/9/22 23:21:05
现在的人很多人可以说根本是无法理解的。
【助理研究员】泰戈尔 2015/9/22 23:21:19
比量子物理要难理解多了。
23:24:39
【活跃】kip
信
【活跃】介石 2015/9/22 23:18:31
据说信的都有对象[Emoticon]
【活跃】kip 2015/9/22 23:19:45
[Emoticon]
23:21:27
【活跃】介石 2015/9/22 23:21:27
爱情也算是种信念吧，人还是有点信念为好
【吐槽】糯米饭 2015/9/22 23:22:10
我带着这个信念已经20多年了，还是单身狗
23:23:50
【话唠】Elaine 2015/9/22 23:23:50
[图片]
【话唠】OPERA 2015/9/22 23:24:12
[图片]
【活跃】介石 2015/9/22 23:24:46
[Emoticon]方向要对
【传说】Sobereva 2015/9/22 23:24:48
你还年轻，不要悲观
说爱情仅仅是化学反应或者是化学物质，其实是哲学上还原论的观点，而我们知道，突显论也是极为有意义不可忽略的。
深夜是哲学社会学专场小姐姐退下需要样本再吱一声
大爷观战你们来 ....我一直觉得哲学家比较难聊虽然我本科也辅修了社会学....哲学家搞研究的方式我比较不懂你们来你们来我喜欢看哲学家们撕一些"虚无缥缈'的重要问题
A:
对，哲学家就是撕，这个词恰当
Q:
哲学之于科学，相当于评论家之于艺术家，有时候会说的很到位，但是大多数时间，大家都不喜欢。
A:
再次印证这是周经问题
Q:
多说一句乖嚎继续相信耐情~@糯米饭
[图片]哲学家们没撕起来要进入八卦姨妈狗血专场了嘛...[图片]
A:
如果因哲学问题撕起来统统踢出去
Q:
我有罪[Emoticon]可以原谅我么
A:
但是也不能为毫无意义的事情撕
Q:
不要谈哲学，谈赚钱，我好没节操[Emoticon]
并不爱和人撕这种观念问题从来不爱争高下
再给我一次机会，我们一起发Angewandt
噗哈哈哈哈哈 sob也认为没有意义
A:
撕哪个无异于相互对着排放不圣洁的气体
Q:
如何做到天人合一或物我合一？
毕竟是哲学在指导着我们具体科学，比如化学
A:
不鼓励在本群聊玄的东西
Q:
问卷调查，你们会坚持自己的理想还是放弃自己的理性迎合社会主流？
A:
the former
----------------------------------------------------
2015.09.23 15:15:00
Q:
老师
请问，我想用高斯做一下两个具有芳香环的有机化合物的pi-pi堆积，应该怎么入手呢？
例如应该用什么泛函？
我就把这两个化合物放在一起优化么？
A:
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
大体系弱相互作用计算的解决之道
http://sobereva.com/214
各种带D3校正的泛函都可以
放一起优化，然后再考虑其它各种分析，如使用Multiwfn做RDG分析，见
使用Multiwfn图形化研究弱相互作用
http://sobereva.com/68
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252
----------------------------------------------------
2015.09.23 15:15:00
Q:
[图片] 老师，我做这步生成的都是.out文件。没有wfn和chk文件
[图片] 老师，我做到这步，输入命令后，什么反应都没有，那个是要新建一个txt文本放在同一目录下吗？这个有什么讲究吗？然后，我觉得grep "1(C) 6(C)" * > out.txt中，是不是1（C） 6(C)有错误。
没有
里面什么都没有
[图片]
[图片]
这是我需要从这里面搜索出1(C) 6(C)的文本到out.txt中
感觉是不是程序命令有错？
A:
文中没有任何错误。
先你打开.gjf文件看看里面的路径对不对再说，不对的话跑了也白跑
要弄明白这一行命令是什么含义，不熟悉grep命令就先看看grep的基本介绍。你的体系和文中的不同，这一行当然要改成你的实际情况。要举一反三。
Q:
老师，grep"1(c) 6(c)" * > out.txt这个命令输入以后，没任何反应
A:
你先搞懂grep怎么用
Q:
我是按照您给的例子，一步步完全照着教程做的
我觉得应该不会出错
A:
我的文中的写法只适合文中的体系
你的体系不一样，grep里当然要改
所以一定要明白grep的用法，要举一反三
Q:
主要是没有结尾的话，都不知道是什么错误
A:
对
----------------------------------------------------
2015.09.23 15:15:00
Q:
[图片]对于NWChem软件，上述句子中“电子包埋”和“以氢链接的原子作为边界”怎么理解呢？
A:
建议你看看Introduction to Computational Chemistry(2ed,Jensen)的2.10节，有专门讲
----------------------------------------------------
2015.09.23 15:15:00
Q:
Multiwfn 显示的esp极值编号前面有星号是什么意思
A:
最大/最小点
----------------------------------------------------
2015.09.23 15:15:00
Q:
请教各位老师，在进行BSSE修正时，是不是不能同时选取有弥散函数的基组？
哦，谢谢了
A:
有无弥散函数和能否考虑BSSE校正没关系。只是弥散函数越充分，越不需要考虑BSSE问题，特别是对于静电主导的作用。
----------------------------------------------------
2015.09.23 15:15:00
Q:
#p td(nstates=15) m062x/6-31g(d,p)可以吗
[图片]
老师的意思稍大点就是6-311g(d)吧？
6-311g(d)和6-311g(d，p)是不是差别不大？
A:
TDDFT计算，氢加不加极化基本没影响。对大体系6-31G*足矣得到基本合理的结果，6-311G*主要是定量上再有所改进（特别是相对高阶的激发、电荷转移的那些激发）
----------------------------------------------------
2015.09.23 15:54:52
Q:
Introduction to Computational Chemistry(2ed,Jensen) 亲们，求这本书
A:
群共享就有
另外公社专用邮箱里有网上所有能找到的计算化学类书籍
----------------------------------------------------
2015.09.23 16:05:02
Q:
荧光是S1的最低振动能级跃迁到S0的各个震动能级，再以无辐射跃迁回到S0最低振动能级
s2, s3呢？
A:
对，比如Azulene和cycl[3.3.3]azine，强度甚至会大于从S1发射
Q:
[图片]因为我做实验测得的发射谱有两个荧光峰（422nm,550nm)这个按照老师说的，就只有一个荧光峰了，小弟不太懂，@Sobereva
也就是说二次荧光吗
还是那个问题，实验测得有两个荧光峰（一个强，一个弱一点），按照SOB老师的话，用高斯做发射谱（只能得到S1-S0)的峰位，那不就是这能算的一个荧光峰了吗
懂我 [Emoticon]
激发态1优化
荧光是S1的最低振动能级跃迁到S0的各个震动能级，再以无辐射跃迁回到S0最低振动能级
A:
kasha只是大多数情况能满足
你也可以考察从S2发射，看是不是能对上另一个峰
Q:
也就是说也存在高于S1的激发态跃迁到S0吗@Sobereva
我看的许金钩《荧光分析法》，书上说的荧光是S1的最低振动能级跃迁到S0的各个震动能级，再以无辐射跃迁回到S0最低振动能级
A:
虽然定性结果也能得到，纯搞实验的人用用也罢，但内行人眼里这活儿太糙
Q:
而且那本书还说高于S1的激态以内转换，振动弛豫等无辐射跃迁方式释放能量回到S1最低振动能级，然后在以辐射跃迁（发光）跃迁到S0各个振动能级，在回到基态最低振动能级，所以听到S2、S3……直接跃迁到S0很惊讶
A:
[图片]
要看新书、外文的书
与时俱进
Q:
SOB老师能推荐一下吗，我好像已被那本书洗脑了
A:
Excited States and Photochemistry of Organic Molecules(1995)
Photochemistry of organic compounds-From Concepts to Practice(Klan,Wirz,2009)
Q:
那老师，您之前说的[图片]是针对发光物质只能发一个荧光峰吗
A:
不是，这只是简单地示意一下。
如果比如也会从S2跃迁，那你应该分别导出从S1和从S2跃迁的曲线，然后放origin里适当地权重叠加起来
Q:
听了老师的耐心解释，我才恍然大悟，以前就有这个困惑，只是局限于《荧光分析法》的权威，现在好多了
A:
波长。
强度更难算准。
Q:
老师，高斯能做量子产率吗
实验可以做出来，那高斯可以做吗
哦
老师，荧光寿命可以用高斯做吗
Q:
量子产率代入计算公式不就可以了吗
A:
程序没法直接给你，因为牵扯的因素太多，很难周全、准确考虑，没法一下子就算出来
[图片]
用高斯算出来振子强度和激发能代进去就行了
Q:
要勇于怀疑权威
看资料应该是先相信它的结果，再怀疑它的结果，在证实自己的怀疑是否正确。
A:
很多中文书都是抄来抄去，老是那些老知识老观念，没引入新进展、新认识
Q:
荧光光强是否也有与振子强度什么参数有相关公式？
A:
峰的积分面积和振子强度成正比
----------------------------------------------------
2015.09.23 16:05:51
Q:
请问下BRW model是什么模型？非常感谢解答！
A:
土了点，建议TZVP或者lanl08(d)
----------------------------------------------------
2015.09.23 16:08:35
Q:
[图片]请问谁有没有碰到过td计算triplet算出的T1激发态的垂直激发能是负值的情况
A:
波函数不稳定
----------------------------------------------------
2015.09.23 16:17:39
Q:
sob老师，打搅您了，学生计算的是不含溶剂的荧光。请问我在优化激发态的时候（基态垂直激发用的是TDDFT），因为想要确定驻点，所以要计算激发态的频率，这时，我可不可以用CIS进行激发态结构优化的频率的计算。在得到这一步结论之后，我再用TD做一次能量激发？给您添麻烦了
A:
可以用CIS优化、做振动分析判断是否是极小点，而同时也用TDDFT优化。如果TDDFT优化的结构和CIS的结构差不多，那就用TDDFT的，CIS的无虚频也能间接证明TDDFT的结构是极小点。这样优化和发射能都用TDDFT比较一致
Q:
谢谢sob老师，学生的初衷也是按照您这个建议来进行作业的，只是在计算过程中，TD计算激发态的频率所消耗的时间很长，所以一些前辈们建议用CIS来做
A:
所以我强调用CIS结构的无虚频间接证明结构相仿佛的TDDFT结构无虚频，以避免直接TDDFT算振动频率
----------------------------------------------------
2015.09.23 16:21:31
Q:
下一版高斯什么时候能出？
A:
估计明年
----------------------------------------------------
2015.09.23 16:38:23
Q:
Sob 老师，看了您的弱相互作用博文，我用wB97X-D/6-311+g**优化两个含芳香环有机化合物，但是跑不动，有没有什么办法简化一下，比如固定哪些原子不参与优化？
A:
固定原子省不了时间
可以降低到6-31+G*，要么就用ORCA
----------------------------------------------------
2015.09.23 16:40:25
Q:
请问外转换是什么过程？
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2015.09.23 16:41:09
Q:
http://www.nchc.org.tw/tw/inner.php?CONTENT_ID=37
A:
CVF6.6链接：http://pan.baidu.com/s/1eQ9vvhw
----------------------------------------------------
2015.09.23 16:51:55
Q:
请问，范围分离泛函和长程校正泛函,两个名词有什么区别？
A:
范围分离(range-separated)泛函是对近程HF成份和远程HF成份不同的一大类泛函的统称
长程校正(LC)是结合到GGA泛函上用的，近程0%，远程100% HF，因此这种情况属于范围分离泛函中的一种
Q:
[Emoticon]谢谢老师！那么，LC“结合到GGA泛函”“近程0%，远程100% HF”，LC都是如此设定的吗？远程比例、近程远程的临界距离是否可调，如何调？问题有点多...老师能否推荐一篇经典文献我好好学习一下，谢谢[Emoticon]
A:
没有临界点
而是用误差函数平滑处理的，可以用omega参数调
见此文JCP,115,3540
----------------------------------------------------
2015.09.23 17:05:39
Q:
[图片]
老师我画的图怎么这么丑@Sobereva
A:
很正常
Q:
看教程上画得那么好看
A:
把点的尺寸弄大了
----------------------------------------------------
2015.09.23 17:15:06
Q:
[图片]做BSSE能量校正校正能为正值是正常的么，以前没有遇到过这种情况呢
A:
[图片]
本来就该为正值
二者没直接关系
Q:
[图片]sorry，弄错啦，是这个
出现好大的负值
A:
仔细考察counterpoise每一项能量搞清楚原因
[图片]
为什么为负，挨个考察各项就会明白，是原理问题还是程序使用问题或是bug
----------------------------------------------------
2015.09.23 17:16:59
Q:
大神，怎么生成resp电荷的mol2文件？[Emoticon][Emoticon]
A:
二者没直接关系
Q:
[图片]
A:
gview就可以生成
Q:
大神，gview生成的mol2文件只是坐标文件，用acpype会出错？怎么办？[Emoticon][Emoticon]
A:
那就用chem3D再试
Q:
[图片] 大神，生成top文件出现错误，怎么回事啊？
A:
你看看输出中给的那个网址吧
Q:
好的sob大神[Emoticon][Emoticon]
[图片]
[图片]
A:
加上nosymm
谈谈Gaussian中的对称性与nosymm关键词的使用
http://sobereva.com/297
----------------------------------------------------
2015.09.23 17:21:21
Q:
geom=connectivity还是不要cam-准确？
A:
不要cam
Q:
为什么不要，这样不是考虑范德华力了吗
A:
[Emoticon]
cam-b3lyp根本描述不了范德华作用
范围分离和色散校正完全是两码事
----------------------------------------------------
2015.09.23 18:55:42
Q:
[图片] 老师，这篇文章是哪一篇呢
A:
密度泛函计算中的格点积分方法
http://sobereva.com/69
----------------------------------------------------
2015.09.23 19:02:45
Q:
就是sob 你该有时候乐观一些三次元也有美好的[Emoticon]
A:
三次元没有美好，但现实中是有美好的
----------------------------------------------------
2015.09.23 19:12:25
Q:
[图片]老师，这条大黑线是什么意思呢
A:
没见过
----------------------------------------------------
2015.09.23 19:51:19
Q:
计算溶液下的激发光谱时，按高斯的教程处理平衡和非平衡溶剂的问题，但是这样做发现加大了好多计算量，而结果上的影响感觉甚微。大家觉得怎么办呢
A:
一般情况就用线性响应溶剂模型就够了
Q:
就是说普通的PCM加上就行了？
A:
对
Q:
这样做的要是写文章，能受认可么
A:
实际上，线性响应和特定态，平衡和非平衡溶剂是两码事。
用线性响应溶剂模型的时候，对于电子激发计算，默认是用非平衡溶剂，即溶剂慢部分对基态是平衡的
所以直接写scrf=PCM做的是线性响应非平衡溶剂模型(LR-neq)计算。完全可以接受。高斯手册里那是用特定态非平衡溶剂模型，搞复杂了，而且一次只能收拾一个态，没法一次性得到吸收光谱。
Q:
pcm空腔大小如何设定，sob老师
A:
取决于用的溶剂模型。
比如IPCM用的是电子密度等值面来定义空腔，而一般用的PCM默认是用原子球叠加来定义（原子半径是根据拟合溶解自由能实验值来优化出的）
用哪套半径是可以自己设的，有的对HF优化有的对DFT优化，有的是联合原子的有的是全原子的
----------------------------------------------------
2015.09.23 19:51:57
Q:
各位老师，有没有NBO的中文手册，给我发的电子版的，谢谢！
A:
没有中文手册
Q:
sob老师，我看到这个链接了，可是打不开[图片]
A:
别去小木虫看，看这里的
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=102
----------------------------------------------------
2015.09.23 20:25:21
Q:
[图片] 老师，我在计算之前我的输入文件中是没有开自旋的，对体系优化之后查看HOMO/LUMO轨道的时候为什么会出现这样的呢？按照我自己的理解应该是[图片]的啊，对于出现这种SOMO 类型的会有什么原因导致呢？
A:
自旋多重度为2，默认是非限制性计算，当然是那种情况
----------------------------------------------------
2015.09.23 20:35:24
Q:
求一篇文献1973年的http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0010854500820810 谢谢啦
[Emoticon]
做得很酷
A:
违规一次，已记录
Q:
老师这张图片好可爱！
老师发怒了
我错了文献确实是sci-hub无法下载的文献已求到感谢@大鹏
A:
绝对能下！！！！！！！！！！！！！！！！！！！
[图片]
在检验是否能用sci-hub正常下载之前我是不会发图的
Q:
信服口服
A:
两次违规后果自负
[图片]
----------------------------------------------------
2015.09.23 20:40:32
Q:
在做CDA 分析的时候，[图片]复合物的关键词是这样子的，执行了这些命令后，是不是会对复合物进行优化，还是得提前优化，用优化好的结果再做CDA分析？谢谢了...
了解了优化片段后会导致坐标不一致？...
谢谢了
A:
是的。
没写opt当然不会优化
只应当优化复合物，不要优化片段
----------------------------------------------------
2015.09.23 20:34:28
Q:
C−H···π contacts 可否给解释一下这是什么作用
A:
[图片]
Q:
老师，追问一句，这种C-H...π作用，比起成键来说，是强还是弱，加热或者简单的方法是否就可以破坏掉。
A:
很弱，明显弱于一般氢键，因为C和H的电负性差不大，H带的正电荷本来就很小，所以与pi电子云的静电吸引也很弱
2015-09-23 20:41:51
[图片] 删除群动态20:41:51
Q:
对刚才的C-H..π体系很感兴趣，因为最近也在研究这个问题，如果是电负性较强的原子与H相连，比如O-H，是不是与π体系的作用会明显增强？这个跟传统氢键的区别是什么呢？
A:
明显会增强。
传统氢键的典型受体是O、N、F原子，都带显著负电荷，而...pi是受体是富集的pi电子云
Q:
那是不是意味着O-H..π的键角越接近180°，作用力就越强？那水分子与石墨烯表层的作用是不是可以理解成O-H..π？
A:
如果是HF可以那么说，但是水分子，由于有两个氢，和石墨作用时肯定会偏重于两个氢都冲着石墨
可以当做O-H...pi
----------------------------------------------------
2015.09.23 20:43:03
Q:
老师问一下研究一个反应机理的微观动力学要用什么软件吗，反应机理是用Gaussian09算的
A:
[图片]
Q:
好的，不好意思
知错了
A:
AIMD层面跑轨迹来研究，用高斯做BOMD或ADMP即可
Q:
是回答我的吗
A:
对
----------------------------------------------------
2015.09.23 20:45:07
Q:
[图片]请问这样的效果图用什么软件做出来的？
A:
VMD、pymol、DS、chimera、sirius等等
----------------------------------------------------
2015.09.23 21:05:33
Q:
counterions 请问这个翻译成平衡离子？还是抗衡离子？
A:
抗衡离子
----------------------------------------------------
2015.09.23 21:09:39
Q:
请教一下，基组，emsl里面，land2dzdp 输入
我用I 0
lanl2dz
****
I 0
P 1 1.00
0.0308000 1.0000000
D 1 1.00
0.2940000 1.0000000
****
对吗
A:
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
看第四节
I 0
lanl2dz
P 1 1.00
0.0308000 1.0000000
D 1 1.00
0.2940000 1.0000000
****
----------------------------------------------------
2015.09.23 23:05:38
Q:
……为啥都是用PM6，相同的结构，所得的焓和熵，MOPAC和Gaussian的结果完全不一样？
A:
[图片]
Q:
……Sob老师，MOPAC输出的热力学参数真的可信吗？
A:
生成焓是肯定可信的，其它的没检验过
Q:
……我和Gaussian的数据再核实一下，如果对不上，那只能说明MOPAC可能有点奇怪了
A:
你可以问stewart，回信很快
Q:
请问一下，我核实过了Gaussian和MOPAC在同样方法下的的热力学计算结果，对于△G和△H、S，结果表示一致，但是根据配分函数来的H和G的绝对值不太一样，我看了下两者的设置
Gaussian: H = Eele + ZPE + Evib + Erot + Etrans + RT
MOPAC: ESCF = Eeq + Ezpe + Evib(298.15) + Erot + Etra + PV + Σ[-Eelec(atom) + ΔHf(atom)]
其中，Eeq, as the sum of electronic and nuclear-nuclear repulsion energies for molecules, isolated in vacuum
MOPAC的输出结果是比Gaussian的多一个原子生成焓吗？
electronic energy特指的是哪部分能量呢？电子和电子的作用？电子和核的作用？核和核的作用？
A:
electronic energy通常在量化里就是指单点能，包括了核互斥作用
2015-09-24 1:44:04
[图片] 删除群动态01:44:02
Q:
也就是那三部分都包括吗？……那么MOPAC应该比Gaussian的焓值多输出一个原子生成焓的样子了？
A:
[图片]比较懒得去思考小毛毛问题...
----------------------------------------------------
2015.09.24 00:13:32
Q:
sob老师呀，高斯在算基态单点能和结构优化时，采用的是equilibrium溶剂化呢还是non-equilibrium溶剂化呢？
A:
前者
Q:
那是用noneq=read来指定为算non-equilibrium？我这样尝试，发现似乎没什么区别。
A:
平衡/非平衡是对于电子激发过程而言的，基态考虑这个毫无意义
Q:
[图片]
现在理解的是这样的，既然如此算两次s0的non-equilibrium的能量，不就可以算出较准的激发能了么
A:
算两次S0干嘛？
Q:
目前高斯的教程里讲到的是用td算一次激发能，这时溶剂化能是non-eq的，然后指定一个态算它eq的，再剪掉基态单独算单点能时eq的，作为最后的激发能
A:
[图片]
然后直接看激发能就完了
算荧光时候需要另外的步骤
Q:
那为何这里不用默认的td，然后把往计算了激发态的chk里写入noneq。然后从新读溶剂信息算基态的noneq
A:
你说的那是算荧光的时候，图中这是算吸收的时候，做法完全不同
Q:
[图片]我发现这样写的时候，激发态会计算很多次，就像是在对root的态优化一样，计算会非常慢。
A:
那是因为要做外迭代过程，因为特定态时候溶剂场是对激发态密度进行响应的，需要反复生成激发态密度，不断地更新反应场信息，直到自洽
所以嫌麻烦嫌慢就别用SS
[图片]
Q:
所以我在想可不可以这样，直接td，不用ss，然后算完后记录溶剂信息，用此算一次基态的总能量。
A:
不知道你想做什么
用LR还是用SS
考虑还是不考虑非平衡溶剂效应
算吸收还是算发射
这三个问题必须明确
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2015.09.24 00:35:14
Q:
Morse potential De怎么计算？
A:
量化扫个势能曲线然后拟合
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2015.09.24 01:59:29
Q:
可爱可爱可爱...
[图片]
刚才qq空间看到一网友上传的萌图...
A:
怖い
[图片]
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2015.09.24 18:56:09
Q:
敢问老师们，我只有wfn文件，是不是multiwfn可以做电子密度差分图？
A:
是
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2015.09.24 18:56:09
Q:
各位老师，请教一下，opt和freq在计算时是不是必须采用相同的方法基组进行计算，能不能用小基组进行opt，在这个基础上用较大的方法基组进行freq与其他性质的分析？
那要是想得到wfn文件什么的，也必须是要与opt的计算方法一致吗？
A:
[图片]
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2015.09.24 18:56:09
Q:
请问gaussian用半经验方法算出的生成焓是[图片]kcal/mol，用b31yp算出的是[图片]kcal/mol，数量相差这么多，这个正常吗？我怕是我处理错了
呃，我知道绝对值没有意义，但这个相差太多，三个数量级了，有点怕怕
A:
你在高斯里算的方式肯定不对
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2015.09.24 18:56:09
Q:
[图片]老师，我想问一下这个5代表什么？
[图片]各位大神，我想问一下这个5代表什么？
A:
赝势的函数形式以及在量子化学程序中定义的方式
http://sobereva.com/188
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2015.09.24 18:56:09
Q:
请问在用emsl基组时Optimized General Contractions这个选项是意思？谢谢！
A:
EMSL中，如果点了Optimized General Contractions，那么显示出的比如cc-pVDZ，就会比不选这个选项要少一些GTF壳层。可能是类似于Davidson筛选，但是还没那么彻底，放到高斯里还会再去除一些。
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2015.09.24 18:56:09
Q:
老师在.LOG文件中 [图片] Dipole 可以当做是分子的极性吗但是有三个数据代表什么意思呢
多谢
可以用冰点软件下载
百度可以下载
A:
偶极矩XYZ分量，a.u.为单位
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2015.09.24 18:56:09
Q:
Stuttgart effective core potentials and
associated basis set were applied to describe gold25with f-type
polarization functions (ζ = 1.050)
f极化函数是什么加的？
f极化函数是怎么加的？
A:
额外的f函数指数已经告诉你了，按此文加上
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
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2015.09.24 18:56:09
Q:
各位老师基组重叠误差（BSSE）应该引用哪一个原始文献
A:
counterpoise原文引这个
[图片]
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2015.09.24 18:56:09
Q:
[图片]做IRC分析的时候得到了这样的路径，可是最后要做图的时候，发现过渡态的E+ZPE竟然介于反应物和产物之间，这样的情况正常吗？
老师，还是说我算错了啊?
A:
正常，因为TS在热力学数据计算的时候不计虚频。电子能量势垒很浅的时候容易有这种情况。
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2015.09.24 18:56:09
Q:
请问各位老师下面这个最后一项是电子能和自由能的和，但是他的数值是电子能加吉布斯自由能修正（上面第四项）-113.858087=-113.837130-0.029201+0.008244 有资料说最后一项就是自由能那最后一项到底是什么？
[图片]
第四项翻译过来不是自由能修正吗？为什么电子能加上自由能修正就是自由能啊？
那如果想对自由能进行零点能校正是不是用最后一项再加上零点能
您看一下这个里面用第五项减去零点能再加上第四项才是最后一项 -113.858087=-113.837130-0.029201+0.008244 那就是零点能被减去了呀？对吗？不是没有修正吗？
A:
[图片]
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2015.09.24 18:59:53
Q:
@【传说】Sobereva老师，有没有专门讲解对红外频率校正因子的资料
A:
谈谈谐振频率校正因子
http://sobereva.com/221
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2015.09.24 19:03:56
Q:
请问：计算的 -V/T= 3.8759是不是说明计算结果不可靠呢？谢谢。
A:
没有前提条件说这个没意义。
比如用了赝势，或者在非平衡结构下，都会明显偏离理想值。
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2015.09.24 19:35:04
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
使用Multiwfn做拓扑分析以及计算孤对电子角度
http://sobereva.com/108
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2015.09.24 19:35:11
Q:
老师，拓扑分析，BCP找不全，怎么解决啊
A:
解决方法在第二节有详细说明
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2015.09.24 20:18:52
Q:
输出文件中primitive gaussians的个数比自己用手计算出来的多， basis functions的个数和手算的一致这是怎么回事？求大神帮忙
对！我在输出文件里检查基组，算了算发现不一样，不知道是我算错了还是怎么回事
A:
算得不对。例：
[图片]
[图片]
Q:
老师，我用的算法应该没问题呀！我用的（3131111111，511111111,61111,5111,411）基组算出来639个primitive gaussian！（5d，7f）@Sobereva
OUT文件输出的是849 个 primitive gaussians！
A:
都不知道什么体系什么基组说这些毫无意义
先把单个原子的算对了再说
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2015.09.24 20:25:00
Q:
老师，我按照步骤操作苯二聚体的RDG平面填色图，做出来怎么和您的不一样呢？我做出来是这样的[图片]
A:
你这样的图就没问题，足以反映感兴趣的问题。如果不想让那些高密度区域是白色的，把RDG_maxrho改为0，如果已经这么改了，把色彩刻度上限调高
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2015.09.24 21:16:17
Q:
[图片] 老师您好，我在计算TD是出现这个错误应该怎么解决啊？我的输入是：[图片]
A:
去了万恶的5/13=1再说别的
Q:
我在没加5/13=1的时候，会出现L502不收敛
A:
不收敛就按此文解决
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
不要在收敛上有投机心理。5/13=1等于犯法
Q:
这句话感觉像是出现在普法节目里
A:
5/13=1者一律枪毙
Q:
好的老师，我马上删掉那个，我把输入这么写可以吗？ [图片]
A:
可
氢的弥散函数没意义，去掉之对收敛大有帮助
角动量没必要弄那么高
带弥散时不收敛勿忘考虑novaracc
Q:
6-31+g(d)就可以了吧
好的，知道了，谢谢老师！
6-311+g(d)
赞。金属多的时候，NoVarAcc可以大量避免收敛困难
A:
如果是有机大分子，6-31G*基本能得到合理结果，6-311G*会有定量改进，不建议加弥散函数。
再好点用TZVP也就够了
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2015.09.24 21:26:05
Q:
我用PM6找过渡态，练感觉，这个可取么
就是有机反应的
A:
对于那些典型的，可以
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