求助，使用AmberTools+Gaussian创建gromacs的拓扑文件出错

thetn · 发表于 Post on 2021-12-10 11:39:48

使用Ambertools + Gaussian 09 创建拓扑文件时先用gaussian09计算出了 .out文件，然后使用 antechamber 做了 .prepin文件并用 parmchk2补充了 frcmod.ala文件在tleap中对alo阴离子的pdb 文件检测中并没有找到键的缺失（图1），但是对于packmol扩包的mix1.pdb文件在tleap中检测却出现了大量的阴离子键角缺失（图2）（阳离子部分没有报错），请问要怎么解决

（相关的各类文件如附件所示，其中.lib文件是由.prepin文件在xleap中修改后保存的）

ggdh · 发表于 Post on 2021-12-10 13:00:51

本帖最后由 ggdh 于 2021-12-10 13:02 编辑

你做frcmod文件的时候产生全部参数试试(加上选项 -a Y)
parmchk2 -a Y ....

thetn · 发表于 Post on 2021-12-10 19:10:34

ggdh 发表于 2021-12-10 13:00
你做frcmod文件的时候产生全部参数试试(加上选项 -a Y)
parmchk2 -a Y ....

生成的新的frcmod文件和之前的一样...还是有同样的问题

ggdh · 发表于 Post on 2021-12-10 19:32:15

thetn 发表于 2021-12-10 19:10
生成的新的frcmod文件和之前的一样...还是有同样的问题

搞不定就用ztop。。。或者是acpype把。然后mix的top直接用gmx 的include itp方式，方便多了。

thetn · 发表于 Post on 2021-12-10 19:56:12

ggdh 发表于 2021-12-10 19:32
搞不定就用ztop。。。或者是acpype把。然后mix的top直接用gmx 的include itp方式，方便多了。

主要是之前做另外一种的时候也是用的这个方法，当时也没遇到这问题，

喵星大佬 · 发表于 Post on 2021-12-11 03:03:23

用acpype就好了嘛，或者用在线的生成就好了，不优化结构也不算原子电荷。

完了直接用IQMol的GAFF优化一下存个结构高斯跑个单点Multiwfn算下RESP填进itp里去就好了

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