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[GROMACS] 求助:酶——配体结合能为正

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楼主
各位老师好,我在300K下使用CHARMM力场计算酶与底物的结合能(复合物结构为解出来的共晶),模拟时间为10ns。在模拟过程中酶与底物的相对位置非常稳定,没有构象变化,但是我使用MM/PBSA计算结合能的时候算出来的结合能为正(>0)请问各位老师
1.这是否说明结合能的计算结果有误?(构象稳定但是结合能为正)
2.较为稳定的结合方式的结合能是否一定为负?
谢谢各位老师

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发表于 Post on 2021-12-21 18:47:24 | 只看该作者 Only view this author
你可以跑动力学跑到100ns再看看是否依然不出来
理应结合自由能为负。为正可能是MMPBSA设置、用法上的问题,你也可以考虑改用其它方法诸如SMD、TI/FEP等方法算结合自由能。
另外值得一提的是,即便结合自由能为正,若解离自由能垒很高,照样可能MD中能结合在一起,不过这应该不是你当前的情况。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-22 09:32:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-12-21 18:47
你可以跑动力学跑到100ns再看看是否依然不出来
理应结合自由能为负。为正可能是MMPBSA设置、用法上的问题 ...

谢谢老师的回复。再请教老师一个问题:如果这个复合物有自发跑出来的趋势,那么按说是不是不会解出来以这种结合方式存在的晶体呢?

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发表于 Post on 2021-12-22 09:54:31 | 只看该作者 Only view this author
溪临昭煌 发表于 2021-12-22 09:32
谢谢老师的回复。再请教老师一个问题:如果这个复合物有自发跑出来的趋势,那么按说是不是不会解出来以这 ...

注意配体和配体附近残基的处理,尤其是质子化状态

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发表于 Post on 2021-12-22 11:58:27 | 只看该作者 Only view this author
溪临昭煌 发表于 2021-12-22 09:32
谢谢老师的回复。再请教老师一个问题:如果这个复合物有自发跑出来的趋势,那么按说是不是不会解出来以这 ...

一般来说是,但溶液下和晶体状态还是有区别的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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