使用plumed计算二面角时有差别

asd9998876 · 发表于 Post on 2022-9-6 11:38:27

本帖最后由 asd9998876 于 2022-9-6 11:44 编辑

跟随MASTERCLASS进行plumed学习，设置如下

MOLINFO STRUCTURE=../5-HT1B.pdb
#4个原子定义二面角
t1: TORSION ATOMS=18,20,22,23
#通过MOLINFO定义相同的二面角
t2: TORSION ATOMS=@phi-2
PRINT FILE=COLVAR ARG=t1,t2 STRIDE=1

输出时程序声明计算的二面角使用的原子及顺序同样都是18,20,22,23,
但是最后在COLVAR文件中的数值输出却差别很大，想要请教一下这里面可能出现误差的原因

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2022-9-6 13:06:23

图中显示t1用的是18,20,22,33应该只是按错了

asd9998876 · 发表于 Post on 2022-9-6 16:39:38

Frozen-Penguin 发表于 2022-9-6 13:06
图中显示t1用的是18,20,22,33应该只是按错了

多谢了，是我丢人了

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[GROMACS] 使用plumed计算二面角时有差别