我想从总的轨迹文件中，每隔一定时间提取一帧出来，该如何做？

小豌豆

蛋白和小分子的分子动力学模拟做了100ns,现在轨迹文件太大，想请教一下如何合理的从轨迹中每隔一段时间提取一帧出来？

wudiazhu

gmx trjconv -f .trr -o .xtc -dt x 表示每隔x ps提取一次轨迹到xtc里面

小豌豆

wudiazhu 发表于 2021-12-22 15:53
gmx trjconv -f .trr -o .xtc -dt x 表示每隔x ps提取一次轨迹到xtc里面

新人小白，想再请教一下，有没有例子或者原理方法针对提取做详细解释呢？或者说间隔时间的选定有什么规则或标准吗？谢谢！

wudiazhu

小豌豆 发表于 2021-12-23 09:53
新人小白，想再请教一下，有没有例子或者原理方法针对提取做详细解释呢？或者说间隔时间的选定有什么规则 ...

这没啥依据，我觉得纯粹是为了让轨迹文件大小减小而已

小豌豆

wudiazhu 发表于 2021-12-23 10:54
这没啥依据，我觉得纯粹是为了让轨迹文件大小减小而已

因为还涉及能量计算，所以担心提取时间间隔不合适导致误差太大，如果计算总的能量的话工作量太大。您有什么好的建议吗？

wudiazhu

小豌豆 发表于 2021-12-23 14:16
因为还涉及能量计算，所以担心提取时间间隔不合适导致误差太大，如果计算总的能量的话工作量太大。您有什 ...

不是，能量等状态函数信息全含在edr文件里，分析能量也是用的edr文件，和xtc文件没有关系，现在只是压缩一下xtc文件而已，edr里还是含有你全部状态函数的

小豌豆

wudiazhu 发表于 2021-12-23 14:37
不是，能量等状态函数信息全含在edr文件里，分析能量也是用的edr文件，和xtc文件没有关系，现在只是压缩 ...

那请问您：我想尽可能减少能量计算的工作量，应该怎么样做呢？（刚刚上手MD，很多东西都是一知半解的，很感谢您耐心解答）

wudiazhu

我没太理解你的诉求，各种状态信息在跑动力学的过程中是一并给出的，跑完后计算能量（应该说是导出能量信息），就是一行命令的事，根本不耗费什么时间。你要想说是减少动力学模拟的时间，那直接减小步数就好了。

小豌豆

wudiazhu 发表于 2021-12-23 14:59
我没太理解你的诉求，各种状态信息在跑动力学的过程中是一并给出的，跑完后计算能量（应该说是导出能量信息 ...

我以为能量是需要跑完后单独计算的，所以这么说，请问应该如何导出能量数据呢？哪条命令呀？

喵星大佬

小豌豆 发表于 2021-12-23 21:58
我以为能量是需要跑完后单独计算的，所以这么说，请问应该如何导出能量数据呢？哪条命令呀？

能量存在edr文件里，跟轨迹有啥关系？除非你要rerun

FMGwenyanhoon

小豌豆 发表于 2021-12-23 21:58
我以为能量是需要跑完后单独计算的，所以这么说，请问应该如何导出能量数据呢？哪条命令呀？

gmx energy -f filename.edr -b t1 -e t2

-f后面跟文件名，-b后面跟想要分析的开始时间点（ps），-e跟分析结束的时间点（ps）
你可以通过gmx energy -h来看每个关键词后面有什么参数类型，需要什么格式的文件，多看几遍就熟悉了

小豌豆

FMGwenyanhoon 发表于 2021-12-23 22:14
gmx energy -f filename.edr -b t1 -e t2

-f后面跟文件名，-b后面跟想要分析的开始时间点（ps），-e ...

非常感谢

小豌豆

喵星大佬 发表于 2021-12-23 22:02
能量存在edr文件里，跟轨迹有啥关系？除非你要rerun

我想要得到蛋白和配体的结合自由能进行对比，我应该是去做能量分解吧？我没表达清楚，感谢解答！