CASTEP(MS)计算乙苯在Pd(110)上的吸附能的问题

Fermium · 发表于 Post on 2019-4-16 09:58:52

向大神求助：需要计算乙苯分子在Pd(110)上的吸附能，目前能够使用的软件为CASTEP(MS)，看到Tutorial中的是CO在Pd（110）上的吸附，其中CO是通过add atom的方式加入到Pd（110），位置及距离都能够精确调控，但是如果换成乙苯分子，怎么将乙苯分子加入呢？如果直接将乙苯分子复制于金属表面附近，那么是否需要考虑放置位置？

yiranfengbai · 发表于 Post on 2019-4-16 10:17:27

当然需要考虑位置了，而且这还应该是你要计算的主要内容之一。先将乙苯分子在一个盒子中优化，之后复制到Pd表面，需要考虑不同的位置，如顶位，桥位，hcp位等。同时还要考虑乙苯分子是横着，竖着，斜着。乙苯分子与表面的距离一般设为2.5到3.0nm之间。需要做很多组测试呢。

Fermium · 发表于 Post on 2019-4-16 10:31:46

yiranfengbai 发表于 2019-4-16 10:17
当然需要考虑位置了，而且这还应该是你要计算的主要内容之一。先将乙苯分子在一个盒子中优化，之后复制到Pd ...

多谢大神指点，调整吸附位置的时候是通过改变原子坐标么？CO只有两个原子比较好调整，但是乙苯分子这么多原子如何调整呢？

sobereva · 发表于 Post on 2019-4-16 10:59:21

注意求助帖必须在帖子标题明确体现出“提问”、“求助”（见http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html），我已把你的标题“CASTEP(MS)计算乙苯在Pd(110)上的吸附能”改了，以后请务必注意！

yiranfengbai · 发表于 Post on 2019-4-16 15:25:26

Fermium 发表于 2019-4-16 10:31
多谢大神指点，调整吸附位置的时候是通过改变原子坐标么？CO只有两个原子比较好调整，但是乙苯分子这么多 ...

你选中乙苯分子，整体移动就行了。乙苯分子确实略大，这就需要你自己先猜测了，根据乙苯分子的对称性，乙苯分子的活性位点，猜测乙苯分子中哪些部分可能会与表面发生反应。如，官能团。那么就把官能团头朝下对着不同的位置。若是邻位或间位C，就把C放在不同位置正上方。笨方法就是把所有的情况全部都考虑，全部计算，看最终结果。

Fermium · 发表于 Post on 2019-4-16 16:01:23

yiranfengbai 发表于 2019-4-16 15:25
你选中乙苯分子，整体移动就行了。乙苯分子确实略大，这就需要你自己先猜测了，根据乙苯分子的对称性，乙 ...

嗯嗯，感谢感谢，加入乙苯分子后，需不需要rebuild crystal之后再计算呢？还是直接进行计算？

yiranfengbai · 发表于 Post on 2019-4-16 17:09:45

Fermium 发表于 2019-4-16 16:01
嗯嗯，感谢感谢，加入乙苯分子后，需不需要rebuild crystal之后再计算呢？还是直接进行计算？

不需要。乙苯分子加入后，还是按照原来的设置就行。

Fermium · 发表于 Post on 2019-4-17 10:43:37

yiranfengbai 发表于 2019-4-16 17:09
不需要。乙苯分子加入后，还是按照原来的设置就行。

谢谢指导，已经初步算出了一个结果，Final Enthalpy = -2.29439063E+004 eV，这个数量级不知道对不对？

Fermium · 发表于 Post on 2019-4-17 10:53:54

Fermium 发表于 2019-4-17 10:43
谢谢指导，已经初步算出了一个结果，Final Enthalpy = -2.29439063E+004 eV，这个数量级不知道对不对？

大神，还有一个问题，文献里边会显示成键，我这边计算好了之后没有显示出成键。

yiranfengbai · 发表于 Post on 2019-4-17 11:17:44

建议你优化完之后，再进行单点能计算，也就是计算一次Energy。成键的话需要自己设置，在"Buld"中有个“Bonds”选项，然后calculate即可。

granvia · 发表于 Post on 2019-4-17 14:19:22

不仅需要考虑分子整体的平移，还需考虑沿z方向的转动从而explore不同的相对取向。另外，这个体系必须加dispersion校正

卡西特 · 发表于 Post on 2019-4-24 11:46:49

yiranfengbai 发表于 2019-4-17 11:17
建议你优化完之后，再进行单点能计算，也就是计算一次Energy。成键的话需要自己设置，在"Buld"中有个“Bond ...

我想请教下，你说的关于成键的问题，这不应该是优化之后会自动出现吗，那请问怎么才能知道有没有键的生成，判断依据是什么？

yiranfengbai · 发表于 Post on 2019-4-24 14:59:22

卡西特发表于 2019-4-24 11:46
我想请教下，你说的关于成键的问题，这不应该是优化之后会自动出现吗，那请问怎么才能知道有没有键的生成 ...

不会出现吧，因为我们引入外来原子时破坏了对称性，哪怕优化后吸附原子与表面的距离只有0.1nm都不会成键，需要自己判断的。判断的依据一般是：首先看吸附能大小，判断是化学吸附还是物理吸附，然后计算Mulliken电荷，看吸附原子的电荷，从而说明得到多少电子或失去多少点，最后看差分电荷密度图，从图中说明电荷的得失，这样才能准确的说明是否成键。

卡西特 · 发表于 Post on 2019-4-24 16:41:10

yiranfengbai 发表于 2019-4-24 14:59
不会出现吧，因为我们引入外来原子时破坏了对称性，哪怕优化后吸附原子与表面的距离只有0.1nm都不会成键 ...

还想问下，就是物理和化学吸附两者标准可以根据吸附能来判断吗，两者区分的界限是啥

yiranfengbai · 发表于 Post on 2019-4-24 17:44:47

卡西特发表于 2019-4-24 16:41
还想问下，就是物理和化学吸附两者标准可以根据吸附能来判断吗，两者区分的界限是啥

可以的，一般来说吸附能的绝对值大于1以上的是化学吸附，小于1的是物理吸附，记不太清具体的界限了，你找一下关于吸附的论文看一下，一般都会有的。吸附能可以解释为相互作用能，大的吸附能说明两者之间有强的相互作用力，吸附能小的说明两者之间并没有很强的相互作用力，只是通过范德华力产生作用。

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