[Amber] 求助氨基酸突变相关问题

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发表于 Post on 2022-1-4 11:31:12 | 只看该作者 Only view this author 回帖奖励

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本帖最后由 Kamala 于 2022-1-5 11:09 编辑

各位好，目前我想做的研究是探索跨膜蛋白对受体结合能力的影响，考虑了一个因素是蛋白质子化的影响。
现在的思路有以下几条，不知可以行得通吗？
1. 直接在选定的氨基酸上修改结构，添加H，然后对接，再做分子模拟
2. 中性条件，将易酸化的氨基酸单点突变为不易酸化的氨基酸，然后对接，并模拟。如果这条思路可以的话，蛋白突变后，直接就进行对接吗，还是需要结构都再优化一下。
感谢大家答复~~

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