在超算上调用gpu时（nvt）gmx mdrun出错

shiyunfan · 发表于 Post on 2022-7-1 17:22:32

做的是蛋白和小分子的模拟，在能量最小化之后的nvt步骤报错
能量最小化连同之前的处理步骤都是在gromacs2022版本（单精度，纯cpu）上做的
超算上装的gromacs（2018.8），能调用gpu
nvt.mdp如下

nvt.mdp (2.63 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)

正常生成nvt.tpr
当命令行为gmx mdrun -deffnm nvt -pin on -ntmpi 1 -ntomp 12 -pme gpu时，报错如下

当把命令改为 gmx mdrun -deffnm nvt -pin on -ntmpi 1 -ntomp 12 -pme gpu -nb gpu时，报错如下

Entropy.S.I · 发表于 Post on 2022-7-1 17:34:31

本帖最后由 Entropy.S.I 于 2022-7-1 17:37 编辑

显然是因为没有用GPU加速版的GMX

是否确定你所用的节点有GPU？

此外，这2018.8编译有问题，没有指定SIMD，速度极慢。联系管理员重新编译。2018.8编译时必须在cmake步骤中手动指定SIMD，你当前的节点可指定-DGMX_SIMD=AVX_512

shiyunfan · 发表于 Post on 2022-7-1 17:42:50

Entropy.S.I 发表于 2022-7-1 17:34
显然是因为没有用GPU加速版的GMX

是否确定你所用的节点有GPU？

这应该是调用了gpu吧，我一直以为是gromacs本身的问题

#nvt.log.1# (6.66 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

Entropy.S.I · 发表于 Post on 2022-7-1 17:48:19

shiyunfan 发表于 2022-7-1 17:42
这应该是调用了gpu吧，我一直以为是gromacs本身的问题

检测不到节点上的GPU，要么节点没有GPU，要么GPU驱动不正常。联系集群管理员解决

shiyunfan · 发表于 Post on 2022-7-1 17:49:23

Entropy.S.I 发表于 2022-7-1 17:48
检测不到节点上的GPU，要么节点没有GPU，要么GPU驱动不正常。联系集群管理员解决

好的，谢谢

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[GROMACS] 在超算上调用gpu时（nvt）gmx mdrun出错

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