用genmer生成金属硫化物团簇初始构型求助

南晓 · 发表于 Post on 2022-1-5 19:58:07

本帖最后由南晓于 2022-6-9 16:03 编辑

请问我想用genmer生成金属硫化物团簇初始构型，可以将MS优化以后的晶体轨迹文件导入然后进行构型搜索吗，刚接触还不是很明确请老师指教

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-1-5 20:51:44

至少得根据你的需求来在MS里切一下团簇。直接导入晶体结构我不确定行不行，也许碰巧也行，但是无法保证团簇的形状是你想要的。

南晓 · 发表于 Post on 2022-1-5 21:15:48

感谢，您好我想要得到不同大小的团簇，团簇的具体形状我不知道，查阅以前的文献我知道它所暴露的晶面，想请问我是把晶面切出来优化以后再导入genmer吗刚接触还请指教感谢

sobereva · 发表于 Post on 2022-1-5 22:07:22

如果你是希望得到一个团簇，而且表面有特定的晶面形态，这不是genmer干的事，你应当在超胞基础上切割，也有一些现成的程序专门实现这种目的

南晓 · 发表于 Post on 2022-1-6 09:36:20

本帖最后由南晓于 2022-1-6 09:40 编辑

感谢，老师我是想建立不同大小金属硫化物团簇，探究其催化性能。老师请问意思是如果我想得到不同大小的团簇，可以在不同大小的超胞上切割然后去优化来得到吗？还有请问老师如果是现成的程序的话是什么程序呢

sobereva · 发表于 Post on 2022-1-7 04:32:10

南晓发表于 2022-1-6 09:36
感谢，老师我是想建立不同大小金属硫化物团簇，探究其催化性能。老师请问意思是如果我想得到不同大小的团簇 ...

如果是特别小的簇，那你可以做原子团簇搜索；如果是那种较大，表面有晶面排列特征的簇，需要自己切割或者用专门的程序直接产生，例如Adv. Theory Simul. 2020, 2000232 DOI: 10.1002/adts.202000232里介绍的程序

flyingchow · 发表于 Post on 2022-1-7 06:01:07

楼主，VESTA就可以手动切这个团簇。
下面有个有ytube视频链接，手把手教你弄这个。
https://youtu.be/_kTg2F8kLTk

南晓 · 发表于 Post on 2022-1-7 09:45:33

sobereva 发表于 2022-1-7 04:32
如果是特别小的簇，那你可以做原子团簇搜索；如果是那种较大，表面有晶面排列特征的簇，需要自己切割或者 ...

感谢感谢

南晓 · 发表于 Post on 2022-1-7 09:45:54

flyingchow 发表于 2022-1-7 06:01
楼主，VESTA就可以手动切这个团簇。
下面有个有ytube视频链接，手把手教你弄这个。
https://youtu.be/_kT ...

感谢感谢我去看一下

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