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[VMD] 用于统计不同种类氧原子的tcl脚本求助

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各位老师,求助一个能够统计如图所示的MD轨迹中的不同成键状况的氧原子数量的tcl脚本。具体如下:
上层为水相,下层为固相,在MD过程中,会存在上述三种不同成键的氧原子,分别是:Ow:水中未解离的氧;Odw发生解离的水中的氧;Os:与固相表面成键的氧。我也学习并尝试过写tcl脚本来完成统计,但是基础尚浅,结果都是不尽人意,修修改改还是一直报错,一直无法准确描述成键的情况,希望各位老师能够帮帮我

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发表于 Post on 2022-4-15 04:02:35 | 只看该作者 Only view this author
不可能有现成脚本,顶多提示你怎么编写脚本

topo -sel all getbondlist 可以得到当前体系里所有键的信息
对每个氧,根据成键的原子数和元素判断所属类型
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-15 08:21:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-4-15 04:02
不可能有现成脚本,顶多提示你怎么编写脚本

topo -sel all getbondlist 可以得到当前体系里所有键的信息 ...

好的 谢谢sob老师,对于成键元素的种类,我不太清楚怎么去表达,老师能提示一下吗

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发表于 Post on 2022-4-15 19:42:01 | 只看该作者 Only view this author
予拥12138 发表于 2022-4-15 08:21
好的 谢谢sob老师,对于成键元素的种类,我不太清楚怎么去表达,老师能提示一下吗

每个原子都有name、element、x、y、z等等属性,去get就能得到
但是获取元素属性的前提是输入文件里本来就含有元素信息,哪些情况含有,看下文的相关文字
在VMD程序里对不同元素的原子用不同颜色显示的方法
http://sobereva.com/624http://bbs.keinsci.com/thread-26306-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-16 20:51:45 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-4-15 19:42
每个原子都有name、element、x、y、z等等属性,去get就能得到
但是获取元素属性的前提是输入文件里本来 ...

感谢sob老师

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