使用pbc mol处理轨迹时，出现inconsistent shift，请问如何解决

a9471163 · 发表于 Post on 2022-1-7 23:38:15

本帖最后由 a9471163 于 2022-1-8 00:17 编辑

各位老师，我做了二维COF的gromacs模拟 (NPT系综），所有原子都没有被固定，但COF的原子施加了位置限制，加位置限制是因为我希望COF原子只能在原地振动，防止COF出现平移。限制性分子动力学模拟正常结束后，我使用pbc mol处理轨迹，以便保持分子的完整性，发现pbc mol处理后的COF如图1所示，并且pbc mol这个命令执行时，有图2的提示（一直提示有inconsistent shifts）；如果轨迹不做任何处理，则限制性动力学模拟轨迹中的COF如图3所示，此时COF看起来没有不合理的位移（但其实也看不清楚，因为是周期性的，哪怕有平移了，也是看不出来的）。

想请教一下：由于COF是施加了位置限制，所以COF不可能有平移，这种想法正确吗？
有个重要的发现：我观察了能量最小化后的gro和限制性分子动力学之后输出的gro，发现能量最小化后，COF分子是没有平移的，但限制性分子动力学之后的pr.gro,虽然没有做任何处理，但分子显示是如图1的那种样子，是有平移的，可我总觉得如果施加了位置限制，分子应该没法平移的啊。这种奇怪的现象是为什么呢？

在图1中观察到的COF位移，要么就是在限制性分子动力学时，COF真的平移了，要么就是没有平移，但是pbc mol的使用造成了平移。但如果不使用pbc mol ，COF的分子也不能保持完整，所以我又觉得pbc mol是绕不开的，必须是要使用的

所以想请教一下：如何既能保持COF的完整，又能防止COF出现平移呢（尝试了-pbc mol 加上-fit trans，是没法消除这种平移的，也尝试了只做-pbc cluster，或者pbc mol先做完后再对COF组做pbc cluster,产生的结果如最后一张图所示，COF变得更奇怪了）

sobereva · 发表于 Post on 2022-1-8 06:18:10

COF是无限延展的体系，已经没有分子的概念了，所以不要考虑-pbc mol、cluster之类的，要处理顶多就是-pbc atom避免原子出现在盒子外面

a9471163 · 发表于 Post on 2022-1-8 10:01:40

本帖最后由 a9471163 于 2022-1-8 10:14 编辑

sobereva 发表于 2022-1-8 06:18
COF是无限延展的体系，已经没有分子的概念了，所以不要考虑-pbc mol、cluster之类的，要处理顶多就是-pbc a ...

谢谢sob老师，我把限制性分子动力学轨迹的第一帧和最后一帧用VMD导出，载入VMD观察原子位置，发现序号相同的原子，在模拟前后是没有位移的，说明限制性分子动力学没有使COF发生平移。
尝试了使用-pbc atom处理轨迹，处理后输出的COF是没有显示出位移的，可显示效果还是不太好，有盒子两端的原子由于周期性的问题而被VMD判断为成键，想请教一下如何让VMD认为盒子两端的原子之间是不成键的呢，以便改善显示效果。（VMD中，我改为VDW显示模式是能解决问题的，不过还是想用lines模式显示）

sobereva · 发表于 Post on 2022-1-8 10:13:03

a9471163 发表于 2022-1-8 10:01
谢谢sob老师，我吧限制性分子动力学轨迹的第一帧和最后一帧用VMD导出，载入VMD观察原子位置，发现序号相 ...

看此文里关于定义重新判断成键的命令
VMD初始化文件(vmd.rc)我的推荐设置
http://sobereva.com/545（http://bbs.keinsci.com/thread-16834-1-1.html）

a9471163 · 发表于 Post on 2022-1-8 11:04:29

本帖最后由 a9471163 于 2022-1-8 11:14 编辑

sobereva 发表于 2022-1-8 10:13
看此文里关于定义重新判断成键的命令
VMD初始化文件(vmd.rc)我的推荐设置
http://sobereva.com/545（ht ...

谢谢老师，在显示的调整方面学到很多，后面我想计算mmpbsa，我想把COF按您说的，做pbc atom，然后输出只含COF的xtc轨迹；而其他有机小分子我做pbc mol，然后输出只含有机小分子的xtc轨迹，这两个轨迹想做mmpbsa的话，我记得是必须合并成一条轨迹，想请教一下有办法合并它们吗（轨迹包含的原子数不同，但帧数相同，自己想要的合并效果是轨迹A的第一帧合并到轨迹B的第一帧，轨迹A的第二帧跟轨迹B的第二帧合并，以此类推）

sobereva · 发表于 Post on 2022-1-8 11:25:03

a9471163 发表于 2022-1-8 11:04
谢谢老师，在显示的调整方面学到很多，后面我想计算mmpbsa，我想把COF按您说的，做pbc atom，然后输出只 ...

没有简单的方法直接合并，需要自己写点代码才行

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