怎么计算出分子处于基态与激发态时的分子构型的变化程度

shiyz · 发表于 Post on 2018-9-6 14:26:06

怎么计算出分子处于基态与激发态时的分子构型的变化程度，从而得出如下图所示结果

lyfchem · 发表于 Post on 2018-9-6 14:30:33

在VMD中计算RMSD衡量两个结构间的几何偏差：http://sobereva.com/290，可以看看sob老师的文章

shiyz · 发表于 Post on 2018-9-6 16:46:41

lyfchem 发表于 2018-9-6 14:30
在VMD中计算RMSD衡量两个结构间的几何偏差：http://sobereva.com/290，可以看看sob老师的文章

OK，我仔细看看

shiyz · 发表于 Post on 2018-9-6 20:27:30

lyfchem 发表于 2018-9-6 14:30
在VMD中计算RMSD衡量两个结构间的几何偏差：http://sobereva.com/290，可以看看sob老师的文章

我看了那个帖子，但是楼主知道怎么计算重叠积分吗？

柒月小鱼 · 发表于 Post on 2018-9-6 20:51:27

shiyz 发表于 2018-9-6 20:27
我看了那个帖子，但是楼主知道怎么计算重叠积分吗？

#p hf/6-31g geom=connectivity extralinks=l316 gfprint iop(3/33=6,5/33=3)
noraff scf=conventional symm=noint

shiyz · 发表于 Post on 2018-9-6 20:59:30

柒月小鱼发表于 2018-9-6 20:51
#p hf/6-31g geom=connectivity extralinks=l316 gfprint iop(3/33=6,5/33=3)
noraff scf=conventional ...

能说详细点吗？不太明白

sobereva · 发表于 Post on 2018-9-7 02:14:56

shiyz 发表于 2018-9-6 20:27
我看了那个帖子，但是楼主知道怎么计算重叠积分吗？

"重叠积分"对当前情况定义不明确
应当说清楚怎么定义的，别人才能告诉你怎么算。如果是诸如电子密度的重叠积分之类，用Multiwfn可以轻易计算。
实际上当前问题用我博文里提到的RMSD来衡量就足够了，根本用不着更复杂的做法

注意求助帖应当在帖子标题明确体现出提问、求助（见http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html），给你改了

shiyz · 发表于 Post on 2018-9-7 13:30:37

sobereva 发表于 2018-9-7 02:14
"重叠积分"对当前情况定义不明确
应当说清楚怎么定义的，别人才能告诉你怎么算。如果是诸如电子密度的重 ...

谢谢sobereva老师。我一开始也没有看明白，因为他的把两张图放在一起的，所以以为是两者构型变化的表征参数。sorry

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