gromacs对油/二氧化硅进行em后，二氧化硅压缩

Jus · 发表于 Post on 2024-1-22 14:54:58

本帖最后由 Jus 于 2024-1-22 14:58 编辑

大家好，我参考Sobtop (sobereva.com)中例6，用sobtop生成二氧化硅的itp，进行能量最小化后二氧化硅压缩了，求助各位如何解决该问题，谢谢大家

slxc920113 · 发表于 Post on 2024-1-22 17:29:30

本帖最后由 slxc920113 于 2024-1-22 17:37 编辑

因为原来的SiO2是三维周期性的，你要搭建界面模型，需要先删除一个维度的周期性，预留出真空层，并且将悬挂的O用H原子饱和。

gromacs_SiO2.zip (628.83 KB, 下载次数 Times of downloads: 31)

Jus · 发表于 Post on 2024-1-22 18:27:34

本帖最后由 Jus 于 2024-1-22 18:30 编辑

slxc920113 发表于 2024-1-22 17:29
因为原来的SiO2是三维周期性的，你要搭建界面模型，需要先删除一个维度的周期性，预留出真空层，并且将悬挂 ...

谢谢你大佬，这样做确实不会被压缩了。
但我有一个疑问，之前在别的文献里看到过表面羟基化二氧化硅，也是在表面加H，按照这个做法处理二氧化硅是不是算羟基化二氧化硅了
如果算的化，那普通二氧化硅怎么做才能不压缩呢

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