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[GROMACS] gmx模拟后修正周期性时组的选择问题

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楼主
    各位老师好,想问一个关于GMX模拟后的问题。
    做完模拟后需要用 gmx trjconv -f md.xtc -s md.tpr -o cen.xtc -center -pbc mol 指令处理体系的周期性。我的体系是蛋白配体带结晶水的复合物,想请问老师们。centering与输出组。这两个组一般来说对于这种体系,分别应该选择什么呢?
    谢谢各位老师!
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发表于 Post on 2022-1-17 11:40:58 | 只看该作者 Only view this author
centering选蛋白
输出的组取决于你,想让轨迹里保留哪些就选哪些。比如选了non-water则轨迹里就把水都扣除了。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-1-18 09:11:07 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-1-17 11:40
centering选蛋白
输出的组取决于你,想让轨迹里保留哪些就选哪些。比如选了non-water则轨迹里就把水都扣除 ...

嗯明白了,谢谢老师!
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