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[Multiwfn使用咨询] 求助:Mutiwfn.exe生成的.pqr和.pdb文件对比疑惑

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本帖最后由 liaorongbao 于 2022-1-23 19:53 编辑

相关链接http://sobereva.com/624

把.fch拖入Multiwfn.exe后依次输入12,3,0.15,0,5,mol.pdb,8会得到vtx.pqr文件。前三行如下:
REMARK   Generated by Multiwfn, totally     44140 surface vertices
REMARK   The third last column is function values in a.u.
HETATM    1  C   MOL A   1      -2.268   0.710  -0.034   0.02286674   1.0000 C
--------------------------略
我的理解和疑惑:
倒数第一列C表示用C元素显示这个点么?
倒数第二列1.0000不懂,
倒数第三列是指定位点的带电(au)情况,
倒数第四、五、六列是指定点的坐标,
倒数第七列1不懂,
倒数第八列A不懂,
倒数第九列MOL好像是表示molecule,
倒数第十列C是原子名(表示距离倒数第一列的点最近的元素么?)
倒数第十一列1不懂,
倒数第十二列HETATM不懂

另外,我的体系是甲醛,但是点数却有44140个,如果是原子带电,那么点数4个不就足够了么

把.fch拖入Multiwfn.exe后依次输入12,3,0.15,0,5,mol.pdb,6会得到vtx.pdb文件,前三行如下:
REMARK   Generated by Multiwfn, totally     44140 surface vertices
REMARK   Unit of B-factor field (i.e. ESP) is kcal/mol
HETATM    1  C   MOL A   1      -2.268   0.710  -0.034  1.00 14.35          C
--------------------------略
我的理解和疑惑:
倒数第一列C表示用C元素显示这个点么?
倒数第二列14.35表示ESP,
倒数第三列1.00不懂,
倒数第四、五、六列是指定点的坐标,
倒数第七列1不懂,
倒数第八列A不懂,
倒数第九列MOL好像是表示molecule,
倒数第十列C是原子名(表示距离倒数第一列的点最近的元素么?)
倒数第十一列1不懂,
倒数第十二列HETATM不懂

附:http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/current/ug/node26.html这个地方也许可以看到pdb格式描述,但还没来及阅读

求解答以上不懂的地方







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.pqr和.pdb文件对比截图

.pqr和.pdb文件对比截图

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发表于 Post on 2022-1-23 21:51:23 | 只看该作者 Only view this author
“倒数第一列C表示用C元素显示这个点么?”


“倒数第二列1.0000不懂”占有度。自己看pdb格式定义便知

“倒数第三列是指定位点的带电(au)情况,”那叫B因子,看pdb格式标准定义。当前情况用来记录表面顶点的静电势

没必要都弄懂,跟你绘制表面静电势图没关系。非要全都弄懂自己看pdb格式标准定义http://www.wwpdb.org/documentati ... /format33/v3.3.html


Multiwfn手册里该说的都说了



描述时不要带着.exe
Multiwfn是程序名,Multiwfn.exe只是Multiwfn在Windows下的可执行文件名,非要强调特定系统下的可执行文件名干嘛。

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