求助，oplas力场怎么产生靠谱输入文件

Weldingspock · 发表于 Post on 2023-6-8 20:39:15

目前，我想用oplsa力场跑mof材料有机金属框架的分子动力学，原子数640，我查找了网上的polypargen。com网站但是只能识别150个原子，用MS+moltemplate这种方法的话需要在对应的oplsa力场文件中找出原子标号，但是对于苯环上不同的C原子。还有N原子总是找的不太准确，请大佬赐教一下如何才能生成比较靠谱的data输入文件呢？

slxc920113 · 发表于 Post on 2023-6-8 23:01:23

MOF材料有专门的UFF4MOF力场，为 MOF材料中常见的过渡金属和O重新拟合了参数。OPLS力场里面并没有包含相关的过渡金属元素，本身就不可能找齐，你可以用我们开发的AuToFF（https://cloud.hzwtech.com/web/personal-space/auto-ff/mof-cof）软件里面的MOF模块，选用OPLS-AA/M力场（匹配有机部分），搭配MOF4UFF力场（匹配金属部分），选择QEQ或者CBAC电荷，即可生成你要的data文件。

ER0618 · 发表于 Post on 2023-6-9 09:56:47

你好，我已经按照这个步骤选择OPLS-AA/M力场和MOF4UFF力场，但是没办法进行下一步的电荷操作，请问可以指导一下吗？

slxc920113 · 发表于 Post on 2023-6-9 10:07:14

ER0618 发表于 2023-6-9 09:56
你好，我已经按照这个步骤选择OPLS-AA/M力场和MOF4UFF力场，但是没办法进行下一步的电荷操作，请问可以指导 ...

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Weldingspock · 发表于 Post on 2023-6-9 16:53:33

slxc920113 发表于 2023-6-9 10:07
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