求助为什么我的gro文件里面残基的序号会出现重复

yingbin · 发表于 Post on 2022-1-17 20:20:21

在构建一个有三条链的体系，溶解那一步的gro文件还是正常的，但是添加离子后的gro文件每条链的残基序号都会从1开始，想问下为什么会出现这种问题呢，如何避免呢？（gro文件有点大上传不了，所以只截了图。问题虽然不影响后续的模拟，但是我后面用索引的时候发现根据残基索引是有问题的。）

sobereva · 发表于 Post on 2022-1-18 10:21:09

置顶的新社员必读贴明确说了文本文件要压缩后再上传，gro压缩后大概率不超过上传尺寸的上限。更何况还可以传网盘贴链接

gmx editconf把目前的gro转换成新的gro文件看看序号是否顺了

yingbin · 发表于 Post on 2022-1-18 16:18:33

本帖最后由 yingbin 于 2022-1-18 16:44 编辑

sobereva 发表于 2022-1-18 10:21
置顶的新社员必读贴明确说了文本文件要压缩后再上传，gro压缩后大概率不超过上传尺寸的上限。更何况还可以 ...

好的老师，知道了。
我使用gmx editconf转换后的gro文件序号还是乱的，我传到附件了您看一下。

sobereva · 发表于 Post on 2022-1-18 16:46:30

yingbin 发表于 2022-1-18 16:18
好的老师，知道了。
我使用gmx editconf转换后的gro文件序号还是乱的，我传到附件了您看一下。

自己写个小程序很容易就能搞定
鉴于你的实际目的，make_ndx里借助&取交集，同时根据残基号和残基名来选取就能选中想要的部分，没必要非得把序号弄顺了

yingbin · 发表于 Post on 2022-1-18 20:44:23

sobereva 发表于 2022-1-18 16:46
自己写个小程序很容易就能搞定
鉴于你的实际目的，make_ndx里借助&取交集，同时根据残基号和残基名来选 ...

好的，谢谢老师

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