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[GROMACS] 求助MD后导入轨迹后键没有了

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MD之后的结果在导入轨迹文件之后出现了出现了键断裂的情况,原始的gro文件里面没有这种情况,出现断裂的部分是gro文件里面位于盒子外面的部分,使用了pbc whole命令但是没有什么用。想请教一下为什么会出现这种情况,怎么才能解决呢?附件在网盘中:链接:https://pan.baidu.com/s/1RBwzgXvq3-ZDRRF191fkZw   提取码:4d88

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发表于 Post on 2022-2-8 01:34:59 | 只看该作者 Only view this author
用VMD看轨迹,比Pymol强得多
键连关系判断规则此文说了
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
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北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-8 13:10:40 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-2-8 01:34
用VMD看轨迹,比Pymol强得多
键连关系判断规则此文说了
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题

好的,谢谢老师,出现这个情况跟MD跑出盒子有关系吗?

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发表于 Post on 2022-2-8 20:47:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-2-8 01:34
用VMD看轨迹,比Pymol强得多
键连关系判断规则此文说了
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题

请教一下社长,vmd中如何可以快速实现这种pymol的效果呢?

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发表于 Post on 2022-2-8 23:45:26 | 只看该作者 Only view this author
lonemen 发表于 2022-2-8 20:47
请教一下社长,vmd中如何可以快速实现这种pymol的效果呢?

我不知道具体指什么效果
棒状显示把Drawing method设licorice就完了,直观显示蛋白质骨架把drawing method设成New Cartoon
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发表于 Post on 2022-2-8 23:46:18 | 只看该作者 Only view this author
yingbin 发表于 2022-2-8 13:10
好的,谢谢老师,出现这个情况跟MD跑出盒子有关系吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-9 12:50:48 | 只看该作者 Only view this author

谢谢老师,那这个会影响一些指标的分析结果吗?例如二级结构、Rg、RMSD之类的。

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发表于 Post on 2022-2-9 22:53:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-2-8 23:45
我不知道具体指什么效果
棒状显示把Drawing method设licorice就完了,直观显示蛋白质骨架把drawing meth ...

哦哦,谢谢社长。我是觉得vmd中的licorice模式的效果,比这里pymol显示的美观程度稍微差一点。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-11 13:41:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-2-8 01:34
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您好,社长,这个键缺失会影响二级结构、Rg和SASA这些指标的分析吗?

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发表于 Post on 2022-2-11 15:15:46 | 只看该作者 Only view this author
yingbin 发表于 2022-2-11 13:41
您好,社长,这个键缺失会影响二级结构、Rg和SASA这些指标的分析吗?

对Rg和SASA没影响,本来也不依赖于键连关系
但是可能会影响二级结构的判断,看具体判断程序
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-11 16:05:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-2-11 15:15
对Rg和SASA没影响,本来也不依赖于键连关系
但是可能会影响二级结构的判断,看具体判断程序

好的,谢谢老师

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