PDB2PQR的使用问题

uenh1998 · 发表于 Post on 2022-2-14 21:12:55

各位老师好，最近在做DNA与蛋白质的复合物模拟。力场选择Amber力场的OL15进行模拟。在pdb2gmx步骤中出现了图1的错误。说某个环没有完整。于是我采用PDB2PQR的在线服务器进行了修复，结果图2所示，里面有NAN Undefined的字条，这跟培训班所讲的不太相同（培训班老师给的图里没有这个NAN Undefined的字条）。包含运行细节信息的.txt文件打开也没有内容。之后我把输出文件.pqr导入vmd，保存为pdb文件，文件保存了，但窗口出现了图3所示的ERROR。
想知道我这整个过程是不是出现了什么问题。就比如这个NAN Udefined 以及 VMD里保存pdb文件时候的error。

sobereva · 发表于 Post on 2022-2-15 07:03:37

先用VMD打开原始的pdb文件，仔细看那个HIS到底缺了什么原子，可以考虑WHAT IF或pdbfixer来补

uenh1998 · 发表于 Post on 2022-2-15 09:37:23

sobereva 发表于 2022-2-15 07:03
先用VMD打开原始的pdb文件，仔细看那个HIS到底缺了什么原子，可以考虑WHAT IF或pdbfixer来补

谢谢老师，我试下

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[综合交流] PDB2PQR的使用问题

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