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[GROMACS] nvt步骤出现错误太多的报错应该如何解决

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gmx_mpi grompp -f nvt.mdp -c em.gro -r em.gro -p topol.top -n index.ndx -o nvt.tpr

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发表于 Post on 2022-12-23 13:12:18 | 只看该作者 Only view this author
显然先去看上面提示的warning弄清楚到底是什么,无害的加-maxwarn 1直接忽略,不能忽略的该怎么解决怎么解决
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-12-23 15:07:58 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-12-23 13:12
显然先去看上面提示的warning弄清楚到底是什么,无害的加-maxwarn 1直接忽略,不能忽略的该怎么解决怎么解 ...

社长您好,请问这种可以忽略吗,第一次学gromacs 不太明白~

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发表于 Post on 2022-12-23 21:55:54 | 只看该作者 Only view this author
kellyisgood 发表于 2022-12-23 15:07
社长您好,请问这种可以忽略吗,第一次学gromacs 不太明白~

仔细检查UNK0分子的提示中提到的原子间的bond项的力常数,弄清楚是否合理。没细节信息,别人也不知道这些是什么原子、参数是多少
如果用2fs步长而且体系含氢的话,记得总要开constraints = hbonds
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-12-24 19:48:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-12-23 21:55
仔细检查UNK0分子的提示中提到的原子间的bond项的力常数,弄清楚是否合理。没细节信息,别人也不知道这些 ...

明白了 谢谢老师

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