模拟蛋白和多聚体糖类形成复合物的过程，有许多LINCS WARNING报错问题

BlinBlin

各位老师好:
我需要模拟蛋白和多聚体糖类形成复合物的过程。多糖通过charmm-gui获得pdb文件，然后在B3LYP-D3(BJ)/def2-SVP级别下对结构进行优化，然后在B3LYP-D3(BJ)/def2-TZVP级别下计算单点能同时产生分子表面静电势数据，最后调用Multiwfn产生RESP电荷。接着使用sobtop建立gaff力场下的拓扑结构。蛋白力场选用了amber14sb，但是在nvt时就出现了许多LINCS WARNING：
relative constraint deviation after LINCS:
bonds that rotated more than 30 degrees:
于是把蛋白和配体分别在水中进行模拟，发现单独模拟配体时还是出现该问题，于是把配体的模拟过程进行了多种尝试：

尝试了：
缩小了模拟步长1 fs乃至0.5 fs不加约束，采用不同方法能量最小化，采用双精度版本进行能量最小化，gen-temp = 310改为50K，设置退火，都没有解决问题。

下面是配体相关文件，还请老师们帮忙解决困惑，谢谢各位老师帮助。

sobereva

短的配体跑成功了再跑长的
另外，建议每个重复单元单独产生RESP电荷而别直接对整体产生，http://sobereva.com/soft/Sobtop里"关于给聚合物用RESP原子电荷"部分专门提到了
体系中有的是NH3有的是NH2，注意确保质子化状态没错

BlinBlin

老师，我重新尝试了一次，用一个单体跑的，nvt和npt正常，正式md的时候还是这样报错，还请老师再指点指点

kaiyuan

BlinBlin 发表于 2025-9-17 15:41
老师，我重新尝试了一次，用一个单体跑的，nvt和npt正常，正式md的时候还是这样报错，还请老师再指 ...

有可能是GAFF“ho”这个原子类型的问题，你试试GAFF2以及我记得amber有糖的力场

BlinBlin

kaiyuan 发表于 2025-9-19 19:24
有可能是GAFF“ho”这个原子类型的问题，你试试GAFF2以及我记得amber有糖的力场

好的，我试试，谢谢您！

BlinBlin

sobereva 发表于 2024-10-28 12:23
短的配体跑成功了再跑长的
另外，建议每个重复单元单独产生RESP电荷而别直接对整体产生，http://sobereva. ...

老师，我需要创建不同质子化程度的体系。比如其中一个体系里10个单体质子化状态是：NH3-NH3-NH3-NH2-NH3-NH3-NH2-NH3-NH3-NH3。我是不是需要构建这三个寡聚体：
①NH3-NH3-NH3（首端用于第1个单体，尾端用于第10个单体，中间用于第2、9个单体）
②NH3-NH3-NH2（中间用于第3、5、6、8个单体）
③NH3-NH2-NH3（中间用于第4、7个单体）

还是说构建两个寡聚体就可以：
①NH3-NH3-NH3（首端用于第1个单体，尾端用于第10个单体，中间用于第2、3、5、6、8、9个单体）
③NH3-NH2-NH3（中间用于第4、7个单体）
请问哪种方式是正确的

sobereva

BlinBlin 发表于 2025-9-23 20:04
老师，我需要创建不同质子化程度的体系。比如其中一个体系里10个单体质子化状态是：NH3-NH3-NH3-NH2-NH3- ...

第一种考虑最周到

BlinBlin

sobereva 发表于 2025-9-24 03:57
第一种考虑最周到

好的，谢谢老师！