Gaussian优化过程中如何固定中性物质的带电基团

HappyEDay

想看看A和B能否进行静电吸引，于是在一个优化命令的文件中同时输入了 具有1个阴离子和1个阳离子的中性物质A 和 带有负电的物质B，优化着优化着A的阴离子和阳离子发生质子转移把正负电中和了，想请问一下有什么办法可以固定住A的阴离子和阳离子吗？

**因为这个物质A是含有一个氨基又含有一个羧基，在pH=8的时候体现出来的就是NH3+和COO-……所以猜测它和负电的物质B有静电作用，然后就把A、B同时放进去优化结构了

sobereva

记得带溶剂模型

wzkchem5

NH3+、COO-只有在水之类的强极性溶剂里才能稳定存在。低极性溶剂里因为生成离子所需的能量比较高，导致NH3+的pKa反倒比COOH低，所以低极性溶剂里质子本来就应该转移过去，变成NH2 COOH。即便是在水里，如果NH3+和COO-的局部环境极性比较低（比如处于蛋白的疏水空腔里），那么质子也会转移。