[GROMACS] 求助：计算RNA中碱基对相互作用关系

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发表于 Post on 2022-2-23 11:41:28 | 只看该作者 Only view this author |只看大图 View big picture 回帖奖励

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各位老师好，我目前跑完RNA在水溶液中的模拟后想计算每个碱基之间的相互作用关系。我是利用gmx_mmpbsa计算的，按照ligand-protein的计算思路：设置索引文件，在索引文件中指定一个碱基为一组，剩下其他的碱基为一组的思路计算的。但计算完发现不管是总能量贡献还是分能量贡献都不太合理，计算结果如图所示。
我想请问一下是我的计算思路有问题还是计算方法有问题呢？如果有问题，应该采用什么方法算呢？因为相关文献较少，这个问题也比较急需解决，还希望大家加以指点，谢谢！

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单个碱基能量贡献

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总能量贡献

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