如何解决在计算溶剂化自由能中出现Constraint failure in HardWallDrude

s99r · 发表于 Post on 2021-7-28 15:53:27

本帖最后由 s99r 于 2021-7-28 15:53 编辑

在NAMD使用极化力场计算NH4+在水中的溶剂化自由能时，出现了如下错误：ERROR: HardWallDrude> The drude is too far away from atom 3021 d = 0.506849!  （此处为SWM4-NDP模型中的O）
ERROR: Constraint failure in HardWallDrude(); simulation may become unstable.
我参考了NAMD-L的建议，增加最小化的时间，降低nonBondedFreq和fullElecfrequency，但还会出现类似的错误。请教大家，该如何解决呢？

下面是有关于Drude模型的参数设置：
# Use Drude polarizable model
drude             on
drudeTemp          1
drudeHardwall    on
drudeDamping       10.0
drudeBondLen       0.25
drudeBondConst    40000
drudeNbtholeCut    5.0

zhutroy · 发表于 Post on 2021-10-28 15:26:30

请问问题解决了吗？遇到一样的问题，总不能一直增大drudeBondLen吧

s99r · 发表于 Post on 2022-2-21 10:36:39

zhutroy 发表于 2021-10-28 15:26
请问问题解决了吗？遇到一样的问题，总不能一直增大drudeBondLen吧

可以试试减小步长看

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