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[GROMACS] 分子模拟计算的表面张力数据要怎么结合力场来解释?

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本帖最后由 atomhong 于 2022-2-21 10:34 编辑

模拟的过程中用了表面张力的数据,被审稿人问:“表面活性剂的表面张力被高估了,用所用力场组合的函数来解释这一点。”该怎么分析?或者要从什么角度来解释?有人遇到过类似的情况吗?
我模拟的是表面活性剂气液界面体系的表面张力,但表面张力不是主要要考察的因素。建模使用的是比实际Γ稍大一点的值作为初始表面浓度,用的是NVT系综,使用的是GAFF力场。关于GAFF力场对计算表面张力索带来的偏差应该怎么分析解释。

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发表于 Post on 2022-2-20 22:05:18 | 只看该作者 Only view this author
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html
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发表于 Post on 2022-2-21 09:34:15 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Entropy.S.I 于 2022-2-21 09:50 编辑

1. 要模拟表面活性剂体系的表面张力实验值,必须以实验值对应的表面浓度(吸附量Γ)建模,否则与实验值无可比性。如果是液-液界面张力,还需使用NP_zT系综,即只对z方向执行压力耦合。

2. 以实际Γ建模,表/界面张力被高估,可以说明力场参数精度不够。如果使用GAFF力场,根据我的经验,这种情况几乎必然存在,且偏差很大。影响表面活性剂体系表/界面张力模拟值的主要因素是表面活性剂的原子电荷、二面角扭转势,以及水模型、油模型。这些参数可以自行优化,操作起来并不复杂,我即将投稿的一篇工作会简要地讨论这部分内容。

3. 如果实验研究未给出表/界面张力数据对应的Γ值,一般无法把模拟得到的表/界面张力值和实验表/界面张力值对比。
4. 也可以先通过自由能计算确定CMC和Γ_max,在此Γ_max下计算表/界面张力。但这一般是用来预测新表面活性剂性能的,需要高精度的力场作为前提。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-21 10:23:43 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 atomhong 于 2022-2-21 10:28 编辑

我模拟的是表面活性剂气液界面体系的表面张力,但表面张力不是主要要考察的东西,建模使用的是比实际Γ稍大一点的值作为初始表面浓度,用的是NVT系综,使用的也正是GAFF力场。自己优化参数对我来说难度太大,直接向审稿人解释一下力场参数精度不够可行吗?或者需要怎么解释能合理?

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发表于 Post on 2022-2-21 10:38:50 | 只看该作者 Only view this author
atomhong 发表于 2022-2-21 10:23
我模拟的是表面活性剂气液界面体系的表面张力,但表面张力不是主要要考察的东西,建模使用的是比实际Γ稍大 ...

先试一下实际Γ下的表面张力,如果偏差确实大到不可接受,就解释力场参数精度不够。但这是比较严重的问题,如果审稿人揪住这个问题不放,就只能认输,解决这一问题的正道只能是改力场。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-21 10:42:17 | 只看该作者 Only view this author
Entropy.S.I 发表于 2022-2-21 10:38
先试一下实际Γ下的表面张力,如果偏差确实大到不可接受,就解释力场参数精度不够。但这是比较严重的问题 ...

好的,谢谢

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发表于 Post on 2022-2-21 10:54:45 | 只看该作者 Only view this author
你文章已经到revise阶段,没法大动干戈,最多就是改一下原子电荷、离子参数和水模型。如果之前没有用RESP2_0.5原子电荷,可以试着用上:
RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算
操作非常简单,且多数情况下对结果有明显改善。

离子参数和水模型也可以试着动一动,例如用Merz的离子参数、OPC3水模型。
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