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sob老师及各位前辈你们好，我是一个计算刚入门的小白，目前在使用gromacs对电解液体系进行能量最小化遇到了一些问题，希望能够得到sob老师以及各位前辈的帮助 ，我的电解液体系是使用packmol构建的（其中含有260个四氢吡喃分子，50个双氟磺酰基酰亚胺阴离子，10个硝酸根离子，60个锂离子，均是通过高斯单独优化的），使用Multiwin构建的chg文件，使用sobtop构建的itp文件（锂离子itp是从该kbff.chem.k-state.edu中的KBFF20中获取的，四氢吡喃分子使用例二Sobtop (sobereva.com)该方法基于GAFF力场，硝酸根与双氟磺酰基酰亚胺阴离子使用例一Sobtop (sobereva.com)方法），然后top文件均incloud了这四个itp文件，输入结构文件使用的MS转存的PDB格式文件，参数文件使用的 sob老师您推荐的适合绝大部分体系的em.mdp文件，然后正常运行是没有任何报错的，所有相应文件已上传，这里有两个问题想请求sob老师帮忙解答一下。
问题一：我排查了很多原因，原来是用MS建模的，现在使用的packmol建模，然后建模时也是将两种锂盐一同放入但是分开获取itp文件，itp文件以及力场应该是没有问题的，但是就是收敛不了，与收敛精度相差甚远，并且运行后能出结果但是会有以下的这种报错，我目前还不太懂这个是什么意思，请问各位老师这个是什么原因，这个是导致收敛不了的主要因素吗？
问题二：请问各位老师，em.mdp文件里的各个参数是如何确定的，如何能找到适合自己电解液体系的em.mdp文件参数？或者说，是存在有对电解液体系进行能量最小化的mdp模板吗，有没有好心人可以分享一下
THPelectrolyte.pdb
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topol.top
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THP.itp
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No3-.itp
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Li.itp
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F2No4S2-.itp
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mdout.mdp
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em.trr
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em.tpr
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em.mdp
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em.log
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em.gro
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em.edr
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发表于 Post on 5 hour ago
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