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[Lammps] lammps模拟甲烷水合物输出结果所有原子皆识别为碳原子该如何解决请大佬指教

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本帖最后由 Mmhang 于 2024-4-11 15:17 编辑

本人初学lammps,用lammps模拟甲烷水合物生成过程,采用material studio建立水合物结构,在体系中加入甲烷及水分子,并定义原子类型,1为O,2为水分子H,3为C,4为甲烷H,通过lammps nvt模拟后导出lammpstrj文件,其情况如下图红圈所示,atom type 皆被重新改为C原子,(附件中data文件为结构文件,lmp为in文件,lammpstrj文件为模拟过程的轨迹文件),请问该如何解决该问题?

请大佬赐教,感谢感谢!

b9d7a1517bbf473213c7cbddc24c3a5.png (37.58 KB, 下载次数 Times of downloads: 15)

如图中红圈情况,类型1的atom type应为O却显示为C

如图中红圈情况,类型1的atom type应为O却显示为C

hydrate_3.lammpstrj

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轨迹文件

hydrate_nvt.lmp

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in文件

hydrate_water_super.data

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结构文件

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