计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 4627|回复 Reply: 4
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 小分子在高分子中的均方位移曲线问题

[复制链接 Copy URL]

67

帖子

0

威望

381

eV
积分
448

Level 3 能力者

各位前辈,我想要求解小分子在高分子中的扩散系数,在求解均方位移时我先弛豫一次再nvt得到了图一,再次弛豫后nvt得到了图二,命令直接用的gmx msd  -f nvt.trr -s nvt.tpr -o msd.xvg(不太确定对不对,我见别人是gmx msd traj.gro -n)也得到了均方位移曲线图。然后发现两个图存在出入,想问一下原因是什么,弛豫几次得到的结果相对合理?非常感谢老师能百忙之中抽出时间解答问题。

KL3FOHFO9H77KM@${HX5~(E.png (44.5 KB, 下载次数 Times of downloads: 13)

图一

图一

$5}005H186Z]V89)GJAX@IR.png (46.33 KB, 下载次数 Times of downloads: 18)

图二

图二

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120179

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2022-3-8 21:38:53 | 只看该作者 Only view this author
先说清楚弛豫具体是怎么做的
作图时把Y轴范围设成相同便于对比

gmx msd traj.gro -n肯定不行,这样只对一帧进行计算
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

67

帖子

0

威望

381

eV
积分
448

Level 3 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-9 20:40:38 | 只看该作者 Only view this author
我的弛豫是用的NVT和NPT。

npt.mdp

2.25 KB, 下载次数 Times of downloads: 7

nvt.mdp

2.08 KB, 下载次数 Times of downloads: 3

67

帖子

0

威望

381

eV
积分
448

Level 3 能力者

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-9 20:47:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-3-8 21:38
先说清楚弛豫具体是怎么做的
作图时把Y轴范围设成相同便于对比

不好意思老师,我的弛豫是用的正则系综和等温等压系综,我在文献中有看到他在NVT+NPT+模拟退火后又进行了一遍NVT+NPT,而我只进行了nvt+npt+模拟退火,不太明白缺少这个操作对均方位移曲线的影响大不大?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120179

管理员

公社社长

5#
发表于 Post on 2022-3-9 20:51:32 | 只看该作者 Only view this author
风起于夏 发表于 2022-3-9 20:47
不好意思老师,我的弛豫是用的正则系综和等温等压系综,我在文献中有看到他在NVT+NPT+模拟退火后又进行了 ...

看不懂你提问的逻辑
前面都没提退火,怎么又冒出来退火了?

如果你做了退火,刚退火完体系是未平衡的,肯定得再跑一段NPT MD等平衡了再统计MSD
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-17 01:46 , Processed in 0.165786 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list