计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 6138|回复 Reply: 13
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[VASP] 用VASP优化CO2分子使用不同晶胞尺寸能量收敛到不同值求助

[复制链接 Copy URL]

12

帖子

0

威望

133

eV
积分
145

Level 2 能力者

各位老师好,最近在做CO2分子吸附在石墨烯表面的静态计算,在结构优化时,需要将小分子CO2也放入晶胞中优化。开始时,将手动搭建CO2放入10*10*10的正方体晶胞中,后来听从别人的建议,将手动搭建CO2分子放入12*12*16,夹角为90° 90° 120°的与石墨烯晶胞大小相同的晶胞进行优化。两者除晶胞不同之外,其他都相同,计算结果显示,二者都达到收敛精度,但其绝对能量一个为-22.9763531 eV(正方体晶胞),-15.88446113 eV(石墨烯晶胞),因此给接下来的吸附能计算造成很大的不同,不知为何,特来求教。
附上我所用的INCAR文件
SYSTEM = V
ISTART = 1 # whether or not to read the WAVECAR file.
ICHARG = 1 # how VASP constructs the initial charge density.
LWAVE = .TRUE. # whether the wavefunctions are written to the WAVECAR file
LCHARG = .TRUE. # LCHARG determines whether the charge densities (files CHGCAR and CHG) are written.
LVTOT = .FALSE. # whether the total local potential is written to the LOCPOT file
LVHAR = .FALSE. # whether the electrostatic potential is written to the LOCPOT file
LELF = .FALSE. # whether to create an ELFCAR file or not.
# LORBIT = 11 # determines whether the PROCAR or PROOUT files are written.

#### Electronic Relaxation ####
ENCUT = 400 # cutoff energy for the planewave basis set in eV
ISMEAR = 0 # how the partial occupancies are set for each orbital.
SIGMA = 0.05 # the width of the smearing in eV.
EDIFF = 1E-6 # global break condition for the electronic SC-loop
NELMIN = 5 # specifies the minimum number of electronic SCF steps.
NELM = 300 # maximum number of electronic SC (selfconsistency) steps
GGA = PE # type of generalized-gradient-approximation one wishes to use.
LREAL = Auto # whether the projection operators are evaluated in real-space or in reciprocal space.
LDIPOL = .TRUE.
IDIPOL = 3 # add dipole correction
ISYM = 0 # determines the way VASP treats symmetry.
ALGO = Normal # electronic minimisation algorithm
PREC = Normal # specifies the "precision"-mode
ADDGRID = .TRUE. # whether an additional support grid is used for the evaluation of the augmentation charges
# AMIX = 0.2
# BMIX = 0.0001
# AMIX_MAG = 0.8
# BMIX_MAG = 0.0001
# MAXMIXÃa

210

帖子

3

威望

2110

eV
积分
2380

Level 5 (御坂)

2#
发表于 Post on 2022-3-4 22:10:10 | 只看该作者 Only view this author
这么大的区别大概率是方法/基组/原子数等不一致导致的

12

帖子

0

威望

133

eV
积分
145

Level 2 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-4 22:14:10 | 只看该作者 Only view this author
老师,除了晶胞的参数不同之外,K点、INCAR都相同。您可否再具体解释一下吗,我需要从哪个方向切入???

147

帖子

0

威望

1592

eV
积分
1739

Level 5 (御坂)

4#
发表于 Post on 2022-3-5 11:04:52 | 只看该作者 Only view this author
首先,你可以对比实验数据,能量相差如此之多,肯定两个co2的键长是不一样的,接近1.16的大概率是正确结果;
另外你的INCAR我觉得有问题,CO2你为什么要加偶极矩矫正,反而是一些基本的设置你却没有加。个人拙见哈。。。
一蓑烟雨任平生

12

帖子

0

威望

133

eV
积分
145

Level 2 能力者

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-5 14:51:11 | 只看该作者 Only view this author
好的,刚刚去测量了一下优化好的CO2分子键长,确实有一个是错着的,谢谢您!

147

帖子

0

威望

1592

eV
积分
1739

Level 5 (御坂)

6#
发表于 Post on 2022-3-5 21:22:48 | 只看该作者 Only view this author
liuxr 发表于 2022-3-5 14:51
好的,刚刚去测量了一下优化好的CO2分子键长,确实有一个是错着的,谢谢您!

不客气,还有incar这些参数我觉得你也需要修改一下。
一蓑烟雨任平生

12

帖子

0

威望

133

eV
积分
145

Level 2 能力者

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-6 19:29:07 | 只看该作者 Only view this author
你好啊,我因为是初学,所以很多参数理解得不够透彻,除了偶极校正以外,还需要注意或者修改哪些参数啊,能否给个方向啊

210

帖子

3

威望

2110

eV
积分
2380

Level 5 (御坂)

8#
发表于 Post on 2022-3-6 21:23:50 | 只看该作者 Only view this author
liuxr 发表于 2022-3-4 22:14
老师,除了晶胞的参数不同之外,K点、INCAR都相同。您可否再具体解释一下吗,我需要从哪个方向切入???

确定一致么。。。你这个差距大概7eV,这么大的差距约等于你把CO2拆成CO + O那么大的区别了,在模型合理的情况下即使是化学反应也不会有如此巨大的能量差;
建议从输出文件排查每项设置是否一致

20

帖子

0

威望

296

eV
积分
316

Level 3 能力者

9#
发表于 Post on 2022-3-6 22:20:54 | 只看该作者 Only view this author
liuxr 发表于 2022-3-6 19:29
你好啊,我因为是初学,所以很多参数理解得不够透彻,除了偶极校正以外,还需要注意或者修改哪些参数啊,能 ...

算了一下第二种情况,结果和第一种情况一致,输入文件见附件,可以参考一下。

INCAR

167 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 50

POSCAR

352 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 26

12

帖子

0

威望

133

eV
积分
145

Level 2 能力者

10#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-7 20:55:19 | 只看该作者 Only view this author
Eudaimonia 发表于 2022-3-6 21:23
确定一致么。。。你这个差距大概7eV,这么大的差距约等于你把CO2拆成CO + O那么大的区别了,在模型合理的 ...

好的,谢谢您的建议,我这就去看看

12

帖子

0

威望

133

eV
积分
145

Level 2 能力者

11#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-7 20:56:30 | 只看该作者 Only view this author
NK-MOF 发表于 2022-3-6 22:20
算了一下第二种情况,结果和第一种情况一致,输入文件见附件,可以参考一下。

好的,我去试一下,再次谢谢您

12

帖子

0

威望

133

eV
积分
145

Level 2 能力者

12#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-7 21:04:11 | 只看该作者 Only view this author
NK-MOF 发表于 2022-3-6 22:20
算了一下第二种情况,结果和第一种情况一致,输入文件见附件,可以参考一下。

有人告诉我相同的体系要用相同的INCAR,我是这样理解的:就是吸附质的优化、吸附剂的优化、还有二者的整体在结构优化的时候都需要用相同的INCAR,比如这个体系石墨烯吸附CO2的体系我就是保证三者的INCAR相同,再比如上学期我练手的金属Ni吸附CO,用适合于金属参数的INCAR去优化CO这种小分子,就会有很多不适宜的地方,所以我想知道是不是我的理解有偏差,您怎么看待这个问题呢???

20

帖子

0

威望

296

eV
积分
316

Level 3 能力者

13#
发表于 Post on 2022-3-8 21:32:33 | 只看该作者 Only view this author
liuxr 发表于 2022-3-7 21:04
有人告诉我相同的体系要用相同的INCAR,我是这样理解的:就是吸附质的优化、吸附剂的优化、还有二者的整 ...

气体分子的优化与吸附剂(Slab模型)的优化不一样,在计算吸附时只需要保证后两者(吸附剂/吸附剂+吸附质)INCAR相同即可。

12

帖子

0

威望

133

eV
积分
145

Level 2 能力者

14#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-8 22:26:44 | 只看该作者 Only view this author
好的知道了,再次谢谢您,祝您科研顺利!

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-19 23:22 , Processed in 0.175908 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list