模拟后轨迹文件水箱子割裂问题请教

小李 · 发表于 Post on 2022-3-3 10:33:12

各位老师前辈大家上午好，学生用amber跑MD加热出现的水箱子情况，想请教一下出现下图的情况原因，如图：

请问是周期边界条件的问题嘛，脚本截图如下：

查看手册截图如下：

对照手册脚本中设置好像没有问题的呀。

谢谢您的阅读和解答/抱拳。

sobereva · 发表于 Post on 2022-3-3 22:37:38

记得开启控压。温度上去之后成为液态水，空隙自然就弥补上了，并且一控压，密度就也合理了。

小李 · 发表于 Post on 2022-3-4 11:52:44

本帖最后由小李于 2022-3-4 11:54 编辑

sobereva 发表于 2022-3-3 22:37
记得开启控压。温度上去之后成为液态水，空隙自然就弥补上了，并且一控压，密度就也合理了。

好的好的，谢谢您。学生下一步是密度平衡，里面用的是控压，但蛋白质分子稍微跑出去右端一点，不知道是否有影响，平衡后截图：

（增加了一个-x方向）周期截图：

学生看手册好像可以施加外在约束让它在中心，当但这应该是属于引进了外力不是正常状态下模拟了。还可以用VMD中pbc wrap命令，但很奇怪感觉不对的样子，（可能是学生操作不对的原因，昨天刚看一点点）
截图：

脚本截图：

sobereva · 发表于 Post on 2022-3-4 19:04:26

小李发表于 2022-3-4 11:52
好的好的，谢谢您。学生下一步是密度平衡，里面用的是控压，但蛋白质分子稍微跑出去右端一点，不知道是否 ...

没关系
搞明白什么叫PBC

小李 · 发表于 Post on 2022-3-5 10:22:01

sobereva 发表于 2022-3-4 19:04
没关系
搞明白什么叫PBC

好的好的，谢谢您

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[Amber] 模拟后轨迹文件水箱子割裂问题请教