请问如何实现两个平衡的盒子的叠加模拟？

yee

老师好，大家好。

我想实现两个平衡的盒子的叠加模拟。
一个盒子有300个bmim和Tf2N，尺寸为5.5*4.1*6.2；一个盒子有300个HFO-1234yf，尺寸为5.5*1.1*6.2。
先分别进行NPT得出密度、扩散系数、黏度，然后与文献进行对比，误差不大后将两个已经平衡的盒子在y轴方向叠加，变成一个大的盒子，保持温度压力不变，让HFO-1234yf自然溶解到bmim和Tf2N中，然后计算它们的能量、密度、MSD、RDF等参数。

请问在对两个盒子进行叠加，是在vmd里面实现的吗？

sobereva

把一个盒子里所有原子Y坐标加上另一个盒子的Y尺寸，然后手动把前者的所有坐标拷到后者坐标之后，再把gro文件里原子总数改一下就行了

gmx editconf结合-translate就可以对坐标按照特定矢量进行平移