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[GROMACS] Gromacs模拟体系中涉及三价的铁离子的问题

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各位大神,如果gromacs体系中如果涉及三价的铁离子,那么它的拓扑信息是不是一定要通过特定的量子力学计算才能得到?是否有什么通用的拓扑信息可以直接用于计算呢?如果没有的话,该怎么通过量子力学计算得到呢?

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发表于 Post on 2020-5-3 08:22:08 | 只看该作者 Only view this author
拓扑信息倒是其次,关键是参数。有很多程序能建立金属中心的力场参数,比如Amber自带了MCPB,将之产生的参数挪到gmx里搭配amber力场也可以用。还有parmED等工具可以将amber程序的拓扑信息转换成gmx的。
构建原理并不复杂,比如简单的seminario算法根据量子化学计算的Hessian矩阵通常就可以给出适用的参数。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-3 13:13:24 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-5-3 08:22
拓扑信息倒是其次,关键是参数。有很多程序能建立金属中心的力场参数,比如Amber自带了MCPB,将之产生的参 ...

Sob老师,如果考虑使用QM/MM体系的话,是不是选择用cp2k会比较容易实现呢?

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发表于 Post on 2020-5-5 08:12:53 | 只看该作者 Only view this author
DwyaneWan 发表于 2020-5-3 13:13
Sob老师,如果考虑使用QM/MM体系的话,是不是选择用cp2k会比较容易实现呢?

我没试过CP2K的QM/MM,好像记得有人说不好用,而且这也不适合生物体系
生物体系的QM/MM用amber比较简单。另外也可以考虑NAMD
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-7 15:49:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-5-5 08:12
我没试过CP2K的QM/MM,好像记得有人说不好用,而且这也不适合生物体系
生物体系的QM/MM用amber比较简单 ...

Sob老师,如果我的体系里生物大分子,可是我想模拟它的化学反应势能,以及偶极的变化。如果我控制反应的原子量,想模拟在溶液的情况,能否将羧基处理成coo-呢?此外,对于dp值不太大的生物大分子,机组和算法选择哪几个性价比高呢?

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发表于 Post on 2020-5-7 21:24:37 | 只看该作者 Only view this author
DwyaneWan 发表于 2020-5-7 15:49
Sob老师,如果我的体系里生物大分子,可是我想模拟它的化学反应势能,以及偶极的变化。如果我控制反应的 ...

大分子的偶极矩没有实际意义
在水当中模拟肯定要弄成质子解离的状态
我不知道dp值指什么
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sobereva 发表于 2020-5-3 08:22
拓扑信息倒是其次,关键是参数。有很多程序能建立金属中心的力场参数,比如Amber自带了MCPB,将之产生的参 ...

老师好,您在另一个帖子里针对含铁离子的体系http://bbs.keinsci.com/thread-5272-1-1.html是这样说的:
“d、f族过渡金属与有机分子成键过程,没法靠GROMACS模拟,因为这种键肯定存在共价作用,不可能光靠范德华+静电作用描述”
那么是不是不能用“MCPB产生铁离子的力场参数,然后结合GROMACS模拟铁离子与蛋白的相互作用”这个方法来模拟铁离子-蛋白体系?

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发表于 Post on 2022-3-2 21:59:01 | 只看该作者 Only view this author
Eva_Winter 发表于 2022-3-2 10:59
老师好,您在另一个帖子里针对含铁离子的体系http://bbs.keinsci.com/thread-5272-1-1.html是这样说的:
...

MCPB本身就会考虑配位键对应的bond项
用sobtop产生的过渡金属配合物的拓扑文件也是这样处理的(是否以bond形式来考虑,取决于输入的mol2文件里是否设了相应的键),看
使用Sobtop超级方便地创建二茂铁的GROMACS的拓扑文件
http://sobereva.com/635http://bbs.keinsci.com/thread-27803-1-1.html
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发表于 Post on 2022-3-10 11:19:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-3-2 21:59
MCPB本身就会考虑配位键对应的bond项
用sobtop产生的过渡金属配合物的拓扑文件也是这样处理的(是否以bo ...

好的明白啦,非常感谢卢老师答复

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