求助：设置用显卡加速PME计算

botu

使用CHARMM-GUI生成的膜-蛋白输入文件，想在gmx mdrun命令中设置PME计算也用显卡加速，但是添加上-pme gpu之后，运行会报如下错误：
Feature not implemented:
Cannot compute PME interactions on a GPU, because PME GPU does not support not a dynamical integrator.

想请教一下这是漏安装了什么造成的还是。。？如果用 -bonded gpu的话会出现这种情况：
Inconsistency in user input:
Bonded interactions on the GPU were required, but not supported for these simulation settings. Change your settings, or do not require using GPUs.


图1是README的内容，图2是报错
（非常感谢！）

喵星大佬

你在做能量极小化？
只有md支持pme gpu

sobereva

把mdp贴出来

botu

sobereva 发表于 2022-3-8 22:10
把mdp贴出来

老师好，谢谢回复！！  mdp如下：
1）step6.0_minimization.mdp
define                  = -DPOSRES -DPOSRES_FC_BB=4000.0 -DPOSRES_FC_SC=2000.0 -DPOSRES_FC_LIPID=1000.0 -DDIHRES -DDIHRES_FC=1000.0
integrator              = steep
emtol                   = 1000.0
nsteps                  = 5000
nstlist                 = 10
cutoff-scheme           = Verlet
rlist                   = 1.2
vdwtype                 = Cut-off
vdw-modifier            = Force-switch
rvdw_switch             = 1.0
rvdw                    = 1.2
coulombtype             = PME
rcoulomb                = 1.2
;
constraints             = h-bonds
constraint_algorithm    = LINCS

2）step6.6_equilibration.mdp
define                  = -DPOSRES -DPOSRES_FC_BB=50.0 -DPOSRES_FC_SC=0.0 -DPOSRES_FC_LIPID=0.0 -DDIHRES -DDIHRES_FC=0.0
integrator              = md
dt                      = 0.002
nsteps                  = 250000
nstxtcout               = 5000
nstvout                 = 5000
nstfout                 = 5000
nstcalcenergy           = 100
nstenergy               = 1000
nstlog                  = 1000
;
cutoff-scheme           = Verlet
nstlist                 = 20
rlist                   = 1.2
vdwtype                 = Cut-off
vdw-modifier            = Force-switch
rvdw_switch             = 1.0
rvdw                    = 1.2
coulombtype             = PME
rcoulomb                = 1.2
;
tcoupl                  = berendsen
tc_grps                 = SOLU MEMB SOLV
tau_t                   = 1.0 1.0 1.0
ref_t                   = 294.15 294.15 294.15
;
pcoupl                  = berendsen
pcoupltype              = semiisotropic
tau_p                   = 5.0
compressibility         = 4.5e-5  4.5e-5
ref_p                   = 1.0     1.0
refcoord_scaling        = com
;
constraints             = h-bonds
constraint_algorithm    = LINCS
continuation            = yes
;
nstcomm                 = 100
comm_mode               = linear
comm_grps               = SOLU_MEMB SOLV

3）step7_production.mdp
integrator              = md
dt                      = 0.002
nsteps                  = 500000
nstxout                 = 50000
nstvout                 = 50000
nstfout                 = 50000
nstcalcenergy           = 100
nstenergy               = 1000
nstlog                  = 1000
;
cutoff-scheme           = Verlet
nstlist                 = 20
rlist                   = 1.2
vdwtype                 = Cut-off
vdw-modifier            = Force-switch
rvdw_switch             = 1.0
rvdw                    = 1.2
coulombtype             = PME
rcoulomb                = 1.2
;
tcoupl                  = Nose-Hoover
tc_grps                 = SOLU MEMB SOLV
tau_t                   = 1.0 1.0 1.0
ref_t                   = 294.15 294.15 294.15
;
pcoupl                  = Parrinello-Rahman
pcoupltype              = semiisotropic
tau_p                   = 5.0
compressibility         = 4.5e-5  4.5e-5
ref_p                   = 1.0     1.0
;
constraints             = h-bonds
constraint_algorithm    = LINCS
continuation            = yes
;
nstcomm                 = 100
comm_mode               = linear
comm_grps               = SOLU_MEMB SOLV

botu

喵星大佬 发表于 2022-3-8 16:17
你在做能量极小化？
只有md支持pme gpu

啊是的，极小化那一步就卡住了
（谢谢回复！）

botu

喵星大佬 发表于 2022-3-8 16:17
你在做能量极小化？
只有md支持pme gpu

是这一步不应该设置pme gpu……去掉之后后面就正常了