计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 2629|回复 Reply: 2
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 疑问-关于晶体数据解析的葡萄糖激酶与糖底物的复合物结构进行Gromacs 水盒模拟

[复制链接 Copy URL]

16

帖子

0

威望

79

eV
积分
95

Level 2 能力者

sob老师及论坛的各位老师同学好,我现在用自己解析的葡萄糖激酶与糖底物的复合物晶体结构进行MD(gromacs),想比较复合物结构与去除底物后结构的RMSF大小,以此来观察活性残基及LOOP区的柔性变化,但是模拟平衡后,观察轨迹动画糖底物总会脱离结合口袋,换了amber99 和 Charmm36 力场还是会出现这种情况,是因为不适合进行模拟吗?以下是RMSF值(红色为复合物)及轨迹动画,求解答!

202210231523311037..png (18.9 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

RMSF

RMSF

680939667156468046204723786.mp4

7.39 MB, 下载次数 Times of downloads: 7

复合物轨迹动画

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125128

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2022-10-24 05:17:25 | 只看该作者 Only view this author
参考
谈谈分子动力学模拟蛋白-配体复合物过程中配体发生脱离的原因
http://sobereva.com/632http://bbs.keinsci.com/thread-27434-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

16

帖子

0

威望

79

eV
积分
95

Level 2 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-25 19:38:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-10-24 05:17
参考
谈谈分子动力学模拟蛋白-配体复合物过程中配体发生脱离的原因
http://sobereva.com/632(http://bbs ...

谢谢sob老师

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-20 05:07 , Processed in 0.240031 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list